Analysis of Ligand-Protein Contacts in PDB entry:
1YHQ


Ligand-Protein Contacts (LPC) are derived with the LPC software (Sobolev V., Sorokine A., Prilusky J., Abola E.E. and Edelman M. (1999) Automated analysis of interatomic contacts in proteins. Bioinformatics, 15, 327-332).

There are 311 ligands in PDB entry 1YHQ. Click on ligand of interest for LPC analysis.


HET
ID		Chain
ID		 Residue
N		Number
of atoms 		Ligand name
lig 1
1MA
0
628 236-HYDRO-1-METHYLADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
lig 2
OMU
0
2587 21O2'-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE
lig 3
OMG
0
2588 24O2'-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
lig 4
UR3
0
2619 213-METHYLURIDINE-5'-MONOPHOSHATE
lig 5
PSU
0
2621 20PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
lig 6
ZIT
0
9500 52AZITHROMYCIN
lig 7
MG
0
8001 1MAGNESIUM ION
lig 8
MG
0
8002 1MAGNESIUM ION
lig 9
MG
0
8003 1MAGNESIUM ION
lig 10
MG
0
8004 1MAGNESIUM ION
lig 11
MG
0
8005 1MAGNESIUM ION
lig 12
MG
0
8006 1MAGNESIUM ION
lig 13
MG
0
8007 1MAGNESIUM ION
lig 14
MG
0
8008 1MAGNESIUM ION
lig 15
MG
0
8009 1MAGNESIUM ION
lig 16
MG
0
8010 1MAGNESIUM ION
lig 17
MG
0
8011 1MAGNESIUM ION
lig 18
MG
0
8012 1MAGNESIUM ION
lig 19
MG
0
8013 1MAGNESIUM ION
lig 20
MG
0
8014 1MAGNESIUM ION
lig 21
MG
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lig 22
MG
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lig 23
MG
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lig 24
MG
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lig 25
MG
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lig 26
MG
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lig 27
MG
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lig 28
MG
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8022 1MAGNESIUM ION
lig 29
MG
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MG
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lig 31
MG
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MG
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lig 33
MG
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lig 34
MG
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lig 35
MG
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lig 36
MG
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lig 37
MG
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lig 38
MG
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lig 39
MG
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MG
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8034 1MAGNESIUM ION
lig 41
MG
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lig 42
MG
0
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lig 43
MG
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lig 44
MG
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lig 45
MG
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8039 1MAGNESIUM ION
lig 46
MG
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lig 47
MG
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8041 1MAGNESIUM ION
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MG
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lig 49
MG
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lig 50
MG
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lig 51
MG
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lig 52
MG
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lig 53
MG
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lig 54
MG
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lig 55
MG
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lig 56
MG
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8053 1MAGNESIUM ION
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MG
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MG
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MG
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MG
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lig 66
MG
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MG
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lig 69
MG
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MG
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MG
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8072 1MAGNESIUM ION
lig 74
MG
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8073 1MAGNESIUM ION
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lig 77
MG
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MG
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MG
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MG
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lig 83
MG
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8083 1MAGNESIUM ION
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MG
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MG
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MG
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MG
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lig 88
MG
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MG
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MG
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MG
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K
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lig 94
K
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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lig 102
NA
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NA
0
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NA
0
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NA
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NA
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NA
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NA
0
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NA
0
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NA
0
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NA
0
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NA
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lig 136
NA
0
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NA
0
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NA
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NA
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NA
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NA
0
8555 1SODIUM ION
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NA
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NA
0
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lig 144
NA
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lig 145
NA
0
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NA
0
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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lig 156
NA
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lig 157
NA
0
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lig 158
NA
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lig 159
NA
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CL
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lig 161
CL
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CL
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CL
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CL
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lig 165
CL
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CL
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lig 167
CL
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lig 168
CL
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CL
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
0
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SR
0
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SR
0
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lig 188
SR
0
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lig 189
SR
0
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SR
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lig 191
SR
0
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lig 192
SR
0
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lig 193
SR
0
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lig 194
SR
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SR
0
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SR
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lig 197
SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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SR
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lig 242
SR
0
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SR
0
8985 1STRONTIUM ION
lig 244
SR
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SR
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SR
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SR
0
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lig 251
SR
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lig 252
SR
0
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lig 253
SR
0
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lig 254
SR
0
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lig 255
SR
0
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lig 256
SR
0
8999 1STRONTIUM ION
lig 257
SR
0
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lig 258
SR
0
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lig 259
SR
0
9002 1STRONTIUM ION
lig 260
SR
0
9004 1STRONTIUM ION
lig 261
SR
0
9006 1STRONTIUM ION
lig 262
SR
0
9007 1STRONTIUM ION
lig 263
SR
0
9008 1STRONTIUM ION
lig 264
MG
9
8074 1MAGNESIUM ION
lig 265
NA
9
8543 1SODIUM ION
lig 266
NA
9
8572 1SODIUM ION
lig 267
SR
9
8980 1STRONTIUM ION
lig 268
SR
9
9003 1STRONTIUM ION
lig 269
MG
A
8050 1MAGNESIUM ION
lig 270
MG
A
8051 1MAGNESIUM ION
lig 271
CL
A
8809 1CHLORIDE ION
lig 272
SR
A
8929 1STRONTIUM ION
lig 273
SR
A
8930 1STRONTIUM ION
lig 274
SR
A
8977 1STRONTIUM ION
lig 275
MG
B
8042 1MAGNESIUM ION
lig 276
CL
B
8819 1CHLORIDE ION
lig 277
SR
B
8950 1STRONTIUM ION
lig 278
SR
B
8987 1STRONTIUM ION
lig 279
NA
C
8503 1SODIUM ION
lig 280
SR
F
9005 1STRONTIUM ION
lig 281
NA
H
8518 1SODIUM ION
lig 282
SR
H
8972 1STRONTIUM ION
lig 283
NA
J
8538 1SODIUM ION
lig 284
CL
J
8801 1CHLORIDE ION
lig 285
CL
J
8802 1CHLORIDE ION
lig 286
CL
J
8821 1CHLORIDE ION
lig 287
MG
K
8054 1MAGNESIUM ION
lig 288
CL
L
8810 1CHLORIDE ION
lig 289
NA
M
8539 1SODIUM ION
lig 290
CL
M
8818 1CHLORIDE ION
lig 291
CL
N
8807 1CHLORIDE ION
lig 292
CD
O
8705 1CADMIUM ION
lig 293
CL
O
8808 1CHLORIDE ION
lig 294
NA
Q
8540 1SODIUM ION
lig 295
NA
R
8532 1SODIUM ION
lig 296
NA
R
8575 1SODIUM ION
lig 297
CL
R
8806 1CHLORIDE ION
lig 298
SR
R
8912 1STRONTIUM ION
lig 299
NA
S
8510 1SODIUM ION
lig 300
SR
S
8961 1STRONTIUM ION
lig 301
MG
T
8057 1MAGNESIUM ION
lig 302
CD
U
8701 1CADMIUM ION
lig 303
MG
Y
8086 1MAGNESIUM ION
lig 304
CL
Y
8820 1CHLORIDE ION
lig 305
CD
Z
8703 1CADMIUM ION
lig 306
CD
1
8702 1CADMIUM ION
lig 307
SR
1
8913 1STRONTIUM ION
lig 308
SR
1
8952 1STRONTIUM ION
lig 309
CD
3
8704 1CADMIUM ION
lig 310
CL
3
8804 1CHLORIDE ION
lig 311
SR
3
8932 1STRONTIUM ION