Analysis of Ligand-Protein Contacts in PDB entry:
3CME


Ligand-Protein Contacts (LPC) are derived with the LPC software (Sobolev V., Sorokine A., Prilusky J., Abola E.E. and Edelman M. (1999) Automated analysis of interatomic contacts in proteins. Bioinformatics, 15, 327-332).

There are 313 ligands in PDB entry 3CME. Click on ligand of interest for LPC analysis.


HET
ID
Chain
ID
Residue
N
Number
of atoms
Ligand name
lig 1
1MA
0
628 236-HYDRO-1-METHYLADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
lig 2
OMU
0
2587 21O2'-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE
lig 3
OMG
0
2588 24O2'-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
lig 4
UR3
0
2619 213-METHYLURIDINE-5'-MONOPHOSHATE
lig 5
PSU
0
2621 20PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
lig 6
8AN
6
76 223'-AMINO-3'-DEOXYADENOSINE 5'-(DIHYDROGEN
lig 7
MG
A
8025 1MAGNESIUM ION
lig 8
MG
A
8044 1MAGNESIUM ION
lig 9
MG
A
8051 1MAGNESIUM ION
lig 10
CL
A
8809 1CHLORIDE ION
lig 11
SR
A
8929 1STRONTIUM ION
lig 12
SR
A
8930 1STRONTIUM ION
lig 13
SR
A
8977 1STRONTIUM ION
lig 14
MG
B
8043 1MAGNESIUM ION
lig 15
MG
B
8042 1MAGNESIUM ION
lig 16
CL
B
8819 1CHLORIDE ION
lig 17
SR
B
8950 1STRONTIUM ION
lig 18
SR
B
8987 1STRONTIUM ION
lig 19
MG
C
8012 1MAGNESIUM ION
lig 20
NA
C
8503 1SODIUM ION
lig 21
SR
F
9005 1STRONTIUM ION
lig 22
NA
H
8518 1SODIUM ION
lig 23
SR
H
8907 1STRONTIUM ION
lig 24
SR
H
8972 1STRONTIUM ION
lig 25
CL
J
8816 1CHLORIDE ION
lig 26
NA
J
8538 1SODIUM ION
lig 27
CL
J
8801 1CHLORIDE ION
lig 28
CL
J
8802 1CHLORIDE ION
lig 29
CL
J
8821 1CHLORIDE ION
lig 30
MG
K
8054 1MAGNESIUM ION
lig 31
CL
L
8810 1CHLORIDE ION
lig 32
CL
L
8814 1CHLORIDE ION
lig 33
SR
L
8969 1STRONTIUM ION
lig 34
NA
M
8539 1SODIUM ION
lig 35
CL
M
8818 1CHLORIDE ION
lig 36
CL
N
8807 1CHLORIDE ION
lig 37
CD
O
8705 1CADMIUM ION
lig 38
CL
O
8808 1CHLORIDE ION
lig 39
NA
Q
8540 1SODIUM ION
lig 40
CL
Q
8811 1CHLORIDE ION
lig 41
NA
R
8532 1SODIUM ION
lig 42
CL
R
8806 1CHLORIDE ION
lig 43
SR
R
8912 1STRONTIUM ION
lig 44
NA
S
8510 1SODIUM ION
lig 45
SR
T
8911 1STRONTIUM ION
lig 46
SR
T
8939 1STRONTIUM ION
lig 47
MG
T
8057 1MAGNESIUM ION
lig 48
CD
U
8701 1CADMIUM ION
lig 49
SR
Y
9002 1STRONTIUM ION
lig 50
MG
Y
8086 1MAGNESIUM ION
lig 51
CL
Y
8817 1CHLORIDE ION
lig 52
CL
Y
8820 1CHLORIDE ION
lig 53
CD
Z
8703 1CADMIUM ION
lig 54
CD
1
8702 1CADMIUM ION
lig 55
SR
1
8913 1STRONTIUM ION
lig 56
SR
1
8952 1STRONTIUM ION
lig 57
MG
2
8060 1MAGNESIUM ION
lig 58
SR
3
8953 1STRONTIUM ION
lig 59
CD
3
8704 1CADMIUM ION
lig 60
CL
3
8804 1CHLORIDE ION
lig 61
SR
3
8932 1STRONTIUM ION
lig 62
SR
3
8999 1STRONTIUM ION
lig 63
MG
0
8001 1MAGNESIUM ION
lig 64
MG
0
8002 1MAGNESIUM ION
lig 65
MG
0
8003 1MAGNESIUM ION
lig 66
MG
0
8004 1MAGNESIUM ION
lig 67
MG
0
8005 1MAGNESIUM ION
lig 68
MG
0
8006 1MAGNESIUM ION
lig 69
MG
0
8007 1MAGNESIUM ION
lig 70
MG
0
8008 1MAGNESIUM ION
lig 71
MG
0
8009 1MAGNESIUM ION
lig 72
MG
0
8010 1MAGNESIUM ION
lig 73
MG
0
8011 1MAGNESIUM ION
lig 74
MG
0
8013 1MAGNESIUM ION
lig 75
MG
0
8014 1MAGNESIUM ION
lig 76
MG
0
8015 1MAGNESIUM ION
lig 77
MG
0
8016 1MAGNESIUM ION
lig 78
MG
0
8017 1MAGNESIUM ION
lig 79
MG
0
8018 1MAGNESIUM ION
lig 80
MG
0
8019 1MAGNESIUM ION
lig 81
MG
0
8020 1MAGNESIUM ION
lig 82
MG
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lig 83
MG
0
8022 1MAGNESIUM ION
lig 84
MG
0
8023 1MAGNESIUM ION
lig 85
MG
0
8024 1MAGNESIUM ION
lig 86
MG
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8026 1MAGNESIUM ION
lig 87
MG
0
8027 1MAGNESIUM ION
lig 88
MG
0
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lig 89
MG
0
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lig 90
MG
0
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lig 91
MG
0
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lig 92
MG
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lig 93
MG
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8033 1MAGNESIUM ION
lig 94
MG
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lig 95
MG
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lig 96
MG
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lig 97
MG
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lig 98
MG
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lig 99
MG
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lig 100
MG
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lig 101
MG
0
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lig 102
MG
0
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lig 103
MG
0
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lig 104
MG
0
8047 1MAGNESIUM ION
lig 105
MG
0
8048 1MAGNESIUM ION
lig 106
MG
0
8049 1MAGNESIUM ION
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MG
0
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MG
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MG
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8053 1MAGNESIUM ION
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MG
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MG
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MG
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MG
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MG
0
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MG
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MG
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MG
0
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lig 118
MG
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MG
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lig 120
MG
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MG
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MG
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MG
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MG
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MG
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MG
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MG
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MG
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MG
0
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MG
0
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MG
0
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MG
0
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MG
0
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lig 134
MG
0
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MG
0
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MG
0
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MG
0
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MG
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MG
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MG
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MG
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MG
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lig 143
MG
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lig 144
MG
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8093 1MAGNESIUM ION
lig 145
K
0
8401 1POTASSIUM ION
lig 146
K
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lig 147
NA
0
8501 1SODIUM ION
lig 148
NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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lig 154
NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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NA
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CL
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SR
0
9001 1STRONTIUM ION
lig 301
SR
0
9004 1STRONTIUM ION
lig 302
SR
0
9006 1STRONTIUM ION
lig 303
SR
0
9007 1STRONTIUM ION
lig 304
SR
0
9008 1STRONTIUM ION
lig 305
MG
9
8074 1MAGNESIUM ION
lig 306
NA
9
8543 1SODIUM ION
lig 307
NA
9
8544 1SODIUM ION
lig 308
NA
9
8572 1SODIUM ION
lig 309
SR
9
8968 1STRONTIUM ION
lig 310
SR
9
8980 1STRONTIUM ION
lig 311
SR
9
9003 1STRONTIUM ION
lig 312
PHE
6
77 11PHENYLALANINE
lig 313
ACA
6
78 86-AMINOHEXANOIC ACID