Analysis of Ligand-Protein Contacts in PDB entry:
1YJN


Ligand-Protein Contacts (LPC) are derived with the LPC software (Sobolev V., Sorokine A., Prilusky J., Abola E.E. and Edelman M. (1999) Automated analysis of interatomic contacts in proteins. Bioinformatics, 15, 327-332).

There are 237 ligands in PDB entry 1YJN. Click on ligand of interest for LPC analysis.


HET
ID		Chain
ID		 Residue
N		Number
of atoms 		Ligand name
lig 1
1MA
0
628 236-HYDRO-1-METHYLADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
lig 2
OMU
0
2587 21O2'-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE
lig 3
OMG
0
2588 24O2'-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
lig 4
UR3
0
2619 213-METHYLURIDINE-5'-MONOPHOSHATE
lig 5
PSU
0
2621 20PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
lig 6
CLY
0
9000 27CLINDAMYCIN
lig 7
MG
0
8001 1MAGNESIUM ION
lig 8
MG
0
8002 1MAGNESIUM ION
lig 9
MG
0
8003 1MAGNESIUM ION
lig 10
MG
0
8004 1MAGNESIUM ION
lig 11
MG
0
8005 1MAGNESIUM ION
lig 12
MG
0
8006 1MAGNESIUM ION
lig 13
MG
0
8007 1MAGNESIUM ION
lig 14
MG
0
8008 1MAGNESIUM ION
lig 15
MG
0
8009 1MAGNESIUM ION
lig 16
MG
0
8010 1MAGNESIUM ION
lig 17
MG
0
8011 1MAGNESIUM ION
lig 18
MG
0
8012 1MAGNESIUM ION
lig 19
MG
0
8013 1MAGNESIUM ION
lig 20
MG
0
8014 1MAGNESIUM ION
lig 21
MG
0
8015 1MAGNESIUM ION
lig 22
MG
0
8016 1MAGNESIUM ION
lig 23
MG
0
8017 1MAGNESIUM ION
lig 24
MG
0
8018 1MAGNESIUM ION
lig 25
MG
0
8019 1MAGNESIUM ION
lig 26
MG
0
8020 1MAGNESIUM ION
lig 27
MG
0
8021 1MAGNESIUM ION
lig 28
MG
0
8022 1MAGNESIUM ION
lig 29
MG
0
8023 1MAGNESIUM ION
lig 30
MG
0
8024 1MAGNESIUM ION
lig 31
MG
0
8025 1MAGNESIUM ION
lig 32
MG
0
8026 1MAGNESIUM ION
lig 33
MG
0
8027 1MAGNESIUM ION
lig 34
MG
0
8028 1MAGNESIUM ION
lig 35
MG
0
8029 1MAGNESIUM ION
lig 36
MG
0
8030 1MAGNESIUM ION
lig 37
MG
0
8031 1MAGNESIUM ION
lig 38
MG
0
8032 1MAGNESIUM ION
lig 39
MG
0
8033 1MAGNESIUM ION
lig 40
MG
0
8034 1MAGNESIUM ION
lig 41
MG
0
8035 1MAGNESIUM ION
lig 42
MG
0
8036 1MAGNESIUM ION
lig 43
MG
0
8037 1MAGNESIUM ION
lig 44
MG
0
8038 1MAGNESIUM ION
lig 45
MG
0
8039 1MAGNESIUM ION
lig 46
MG
0
8040 1MAGNESIUM ION
lig 47
MG
0
8041 1MAGNESIUM ION
lig 48
MG
0
8042 1MAGNESIUM ION
lig 49
MG
0
8043 1MAGNESIUM ION
lig 50
MG
0
8044 1MAGNESIUM ION
lig 51
MG
0
8045 1MAGNESIUM ION
lig 52
MG
0
8046 1MAGNESIUM ION
lig 53
MG
0
8047 1MAGNESIUM ION
lig 54
MG
0
8048 1MAGNESIUM ION
lig 55
MG
0
8049 1MAGNESIUM ION
lig 56
MG
0
8050 1MAGNESIUM ION
lig 57
MG
0
8051 1MAGNESIUM ION
lig 58
MG
0
8052 1MAGNESIUM ION
lig 59
MG
0
8053 1MAGNESIUM ION
lig 60
MG
0
8054 1MAGNESIUM ION
lig 61
MG
0
8056 1MAGNESIUM ION
lig 62
MG
0
8057 1MAGNESIUM ION
lig 63
MG
0
8058 1MAGNESIUM ION
lig 64
MG
0
8059 1MAGNESIUM ION
lig 65
MG
0
8060 1MAGNESIUM ION
lig 66
MG
0
8061 1MAGNESIUM ION
lig 67
MG
0
8062 1MAGNESIUM ION
lig 68
MG
0
8063 1MAGNESIUM ION
lig 69
MG
0
8064 1MAGNESIUM ION
lig 70
MG
0
8065 1MAGNESIUM ION
lig 71
MG
0
8066 1MAGNESIUM ION
lig 72
MG
0
8067 1MAGNESIUM ION
lig 73
MG
0
8068 1MAGNESIUM ION
lig 74
MG
0
8070 1MAGNESIUM ION
lig 75
MG
0
8071 1MAGNESIUM ION
lig 76
MG
0
8072 1MAGNESIUM ION
lig 77
MG
0
8074 1MAGNESIUM ION
lig 78
MG
0
8075 1MAGNESIUM ION
lig 79
MG
0
8076 1MAGNESIUM ION
lig 80
MG
0
8077 1MAGNESIUM ION
lig 81
MG
0
8079 1MAGNESIUM ION
lig 82
MG
0
8080 1MAGNESIUM ION
lig 83
MG
0
8081 1MAGNESIUM ION
lig 84
MG
0
8082 1MAGNESIUM ION
lig 85
MG
0
8083 1MAGNESIUM ION
lig 86
MG
0
8084 1MAGNESIUM ION
lig 87
MG
0
8085 1MAGNESIUM ION
lig 88
MG
0
8086 1MAGNESIUM ION
lig 89
MG
0
8087 1MAGNESIUM ION
lig 90
MG
0
8088 1MAGNESIUM ION
lig 91
MG
0
8089 1MAGNESIUM ION
lig 92
MG
0
8090 1MAGNESIUM ION
lig 93
MG
0
8091 1MAGNESIUM ION
lig 94
MG
0
8092 1MAGNESIUM ION
lig 95
MG
0
8093 1MAGNESIUM ION
lig 96
MG
0
8094 1MAGNESIUM ION
lig 97
MG
0
8096 1MAGNESIUM ION
lig 98
MG
0
8097 1MAGNESIUM ION
lig 99
MG
0
8098 1MAGNESIUM ION
lig 100
MG
0
8099 1MAGNESIUM ION
lig 101
MG
0
8100 1MAGNESIUM ION
lig 102
MG
0
8101 1MAGNESIUM ION
lig 103
MG
0
8102 1MAGNESIUM ION
lig 104
MG
0
8103 1MAGNESIUM ION
lig 105
MG
0
8104 1MAGNESIUM ION
lig 106
MG
0
8105 1MAGNESIUM ION
lig 107
MG
0
8106 1MAGNESIUM ION
lig 108
MG
0
8107 1MAGNESIUM ION
lig 109
MG
0
8109 1MAGNESIUM ION
lig 110
MG
0
8110 1MAGNESIUM ION
lig 111
MG
0
8111 1MAGNESIUM ION
lig 112
MG
0
8112 1MAGNESIUM ION
lig 113
MG
0
8113 1MAGNESIUM ION
lig 114
MG
0
8114 1MAGNESIUM ION
lig 115
MG
0
8115 1MAGNESIUM ION
lig 116
MG
0
8116 1MAGNESIUM ION
lig 117
K
0
8401 1POTASSIUM ION
lig 118
K
0
8402 1POTASSIUM ION
lig 119
NA
0
8501 1SODIUM ION
lig 120
NA
0
8502 1SODIUM ION
lig 121
NA
0
8503 1SODIUM ION
lig 122
NA
0
8505 1SODIUM ION
lig 123
NA
0
8506 1SODIUM ION
lig 124
NA
0
8507 1SODIUM ION
lig 125
NA
0
8508 1SODIUM ION
lig 126
NA
0
8510 1SODIUM ION
lig 127
NA
0
8511 1SODIUM ION
lig 128
NA
0
8513 1SODIUM ION
lig 129
NA
0
8514 1SODIUM ION
lig 130
NA
0
8515 1SODIUM ION
lig 131
NA
0
8516 1SODIUM ION
lig 132
NA
0
8517 1SODIUM ION
lig 133
NA
0
8518 1SODIUM ION
lig 134
NA
0
8519 1SODIUM ION
lig 135
NA
0
8520 1SODIUM ION
lig 136
NA
0
8521 1SODIUM ION
lig 137
NA
0
8522 1SODIUM ION
lig 138
NA
0
8523 1SODIUM ION
lig 139
NA
0
8524 1SODIUM ION
lig 140
NA
0
8525 1SODIUM ION
lig 141
NA
0
8526 1SODIUM ION
lig 142
NA
0
8527 1SODIUM ION
lig 143
NA
0
8528 1SODIUM ION
lig 144
NA
0
8529 1SODIUM ION
lig 145
NA
0
8530 1SODIUM ION
lig 146
NA
0
8531 1SODIUM ION
lig 147
NA
0
8532 1SODIUM ION
lig 148
NA
0
8533 1SODIUM ION
lig 149
NA
0
8534 1SODIUM ION
lig 150
NA
0
8535 1SODIUM ION
lig 151
NA
0
8536 1SODIUM ION
lig 152
NA
0
8538 1SODIUM ION
lig 153
NA
0
8539 1SODIUM ION
lig 154
NA
0
8540 1SODIUM ION
lig 155
NA
0
8541 1SODIUM ION
lig 156
NA
0
8542 1SODIUM ION
lig 157
NA
0
8544 1SODIUM ION
lig 158
NA
0
8549 1SODIUM ION
lig 159
NA
0
8550 1SODIUM ION
lig 160
NA
0
8552 1SODIUM ION
lig 161
NA
0
8553 1SODIUM ION
lig 162
NA
0
8554 1SODIUM ION
lig 163
NA
0
8555 1SODIUM ION
lig 164
NA
0
8556 1SODIUM ION
lig 165
NA
0
8557 1SODIUM ION
lig 166
NA
0
8558 1SODIUM ION
lig 167
NA
0
8559 1SODIUM ION
lig 168
NA
0
8560 1SODIUM ION
lig 169
NA
0
8562 1SODIUM ION
lig 170
NA
0
8563 1SODIUM ION
lig 171
NA
0
8564 1SODIUM ION
lig 172
NA
0
8565 1SODIUM ION
lig 173
NA
0
8566 1SODIUM ION
lig 174
NA
0
8567 1SODIUM ION
lig 175
NA
0
8568 1SODIUM ION
lig 176
NA
0
8569 1SODIUM ION
lig 177
NA
0
8570 1SODIUM ION
lig 178
NA
0
8571 1SODIUM ION
lig 179
NA
0
8572 1SODIUM ION
lig 180
NA
0
8573 1SODIUM ION
lig 181
NA
0
8574 1SODIUM ION
lig 182
NA
0
8575 1SODIUM ION
lig 183
NA
0
8576 1SODIUM ION
lig 184
NA
0
8577 1SODIUM ION
lig 185
NA
0
8578 1SODIUM ION
lig 186
NA
0
8579 1SODIUM ION
lig 187
NA
0
8581 1SODIUM ION
lig 188
NA
0
8582 1SODIUM ION
lig 189
NA
0
8584 1SODIUM ION
lig 190
NA
0
8585 1SODIUM ION
lig 191
CL
0
8803 1CHLORIDE ION
lig 192
CL
0
8805 1CHLORIDE ION
lig 193
CL
0
8811 1CHLORIDE ION
lig 194
CL
0
8812 1CHLORIDE ION
lig 195
CL
0
8813 1CHLORIDE ION
lig 196
CL
0
8814 1CHLORIDE ION
lig 197
CL
0
8815 1CHLORIDE ION
lig 198
CL
0
8816 1CHLORIDE ION
lig 199
CL
0
8817 1CHLORIDE ION
lig 200
CL
0
8822 1CHLORIDE ION
lig 201
MG
9
8095 1MAGNESIUM ION
lig 202
NA
9
8551 1SODIUM ION
lig 203
NA
9
8583 1SODIUM ION
lig 204
NA
A
8545 1SODIUM ION
lig 205
CL
A
8809 1CHLORIDE ION
lig 206
MG
B
8055 1MAGNESIUM ION
lig 207
NA
B
8561 1SODIUM ION
lig 208
CL
B
8819 1CHLORIDE ION
lig 209
NA
C
8504 1SODIUM ION
lig 210
NA
H
8509 1SODIUM ION
lig 211
NA
J
8546 1SODIUM ION
lig 212
CL
J
8801 1CHLORIDE ION
lig 213
CL
J
8802 1CHLORIDE ION
lig 214
CL
J
8821 1CHLORIDE ION
lig 215
MG
K
8069 1MAGNESIUM ION
lig 216
NA
L
8580 1SODIUM ION
lig 217
CL
L
8810 1CHLORIDE ION
lig 218
NA
M
8547 1SODIUM ION
lig 219
CL
M
8818 1CHLORIDE ION
lig 220
CL
N
8807 1CHLORIDE ION
lig 221
CD
O
8705 1CADMIUM ION
lig 222
CL
O
8808 1CHLORIDE ION
lig 223
NA
Q
8548 1SODIUM ION
lig 224
NA
R
8537 1SODIUM ION
lig 225
NA
R
8586 1SODIUM ION
lig 226
CL
R
8806 1CHLORIDE ION
lig 227
NA
S
8512 1SODIUM ION
lig 228
MG
T
8073 1MAGNESIUM ION
lig 229
NA
T
8543 1SODIUM ION
lig 230
CD
U
8701 1CADMIUM ION
lig 231
MG
Y
8108 1MAGNESIUM ION
lig 232
CL
Y
8820 1CHLORIDE ION
lig 233
CD
Z
8703 1CADMIUM ION
lig 234
CD
1
8702 1CADMIUM ION
lig 235
MG
3
8078 1MAGNESIUM ION
lig 236
CD
3
8704 1CADMIUM ION
lig 237
CL
3
8804 1CHLORIDE ION