Analysis of Ligand-Protein Contacts in PDB entry:
1YJW


Ligand-Protein Contacts (LPC) are derived with the LPC software (Sobolev V., Sorokine A., Prilusky J., Abola E.E. and Edelman M. (1999) Automated analysis of interatomic contacts in proteins. Bioinformatics, 15, 327-332).

There are 243 ligands in PDB entry 1YJW. Click on ligand of interest for LPC analysis.


HET
ID		Chain
ID		 Residue
N		Number
of atoms 		Ligand name
lig 1
1MA
0
628 236-HYDRO-1-METHYLADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
lig 2
OMU
0
2587 21O2'-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE
lig 3
OMG
0
2588 24O2'-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
lig 4
UR3
0
2619 213-METHYLURIDINE-5'-MONOPHOSHATE
lig 5
PSU
0
2621 20PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
lig 6
MHW
4
1 93-HYDROXYPICOLINIC ACID
lig 7
DBB
4
3 6D-ALPHA-AMINOBUTYRIC ACID
lig 8
MHU
4
5 154-N,N-(DIMETHYLAMINO)-L-PHENYLALANINE
lig 9
MHV
4
6 94-OXO-L-PIPECOLIC ACID
lig 10
004
4
7 10(2S)-AMINO(PHENYL)ETHANOIC ACID
lig 11
MHT
4
9 10(3S)-3-(METHYLSULFANYL)-1-AZABICYCLO[2.2.2
lig 12
MG
0
3001 1MAGNESIUM ION
lig 13
MG
0
3002 1MAGNESIUM ION
lig 14
MG
0
3003 1MAGNESIUM ION
lig 15
MG
0
3004 1MAGNESIUM ION
lig 16
MG
0
3005 1MAGNESIUM ION
lig 17
MG
0
3006 1MAGNESIUM ION
lig 18
MG
0
3007 1MAGNESIUM ION
lig 19
MG
0
3008 1MAGNESIUM ION
lig 20
MG
0
3009 1MAGNESIUM ION
lig 21
MG
0
3010 1MAGNESIUM ION
lig 22
MG
0
3011 1MAGNESIUM ION
lig 23
MG
0
3012 1MAGNESIUM ION
lig 24
MG
0
3013 1MAGNESIUM ION
lig 25
MG
0
3014 1MAGNESIUM ION
lig 26
MG
0
3015 1MAGNESIUM ION
lig 27
MG
0
3016 1MAGNESIUM ION
lig 28
MG
0
3017 1MAGNESIUM ION
lig 29
MG
0
3018 1MAGNESIUM ION
lig 30
MG
0
3019 1MAGNESIUM ION
lig 31
MG
0
3020 1MAGNESIUM ION
lig 32
MG
0
3021 1MAGNESIUM ION
lig 33
MG
0
3022 1MAGNESIUM ION
lig 34
MG
0
3023 1MAGNESIUM ION
lig 35
MG
0
3024 1MAGNESIUM ION
lig 36
MG
0
3025 1MAGNESIUM ION
lig 37
MG
0
3026 1MAGNESIUM ION
lig 38
MG
0
3027 1MAGNESIUM ION
lig 39
MG
0
3028 1MAGNESIUM ION
lig 40
MG
0
3029 1MAGNESIUM ION
lig 41
MG
0
3030 1MAGNESIUM ION
lig 42
MG
0
3031 1MAGNESIUM ION
lig 43
MG
0
3032 1MAGNESIUM ION
lig 44
MG
0
3033 1MAGNESIUM ION
lig 45
MG
0
3034 1MAGNESIUM ION
lig 46
MG
0
3035 1MAGNESIUM ION
lig 47
MG
0
3036 1MAGNESIUM ION
lig 48
MG
0
3037 1MAGNESIUM ION
lig 49
MG
0
3038 1MAGNESIUM ION
lig 50
MG
0
3039 1MAGNESIUM ION
lig 51
MG
0
3040 1MAGNESIUM ION
lig 52
MG
0
3041 1MAGNESIUM ION
lig 53
MG
0
3042 1MAGNESIUM ION
lig 54
MG
0
3043 1MAGNESIUM ION
lig 55
MG
0
3044 1MAGNESIUM ION
lig 56
MG
0
3045 1MAGNESIUM ION
lig 57
MG
0
3046 1MAGNESIUM ION
lig 58
MG
0
3047 1MAGNESIUM ION
lig 59
MG
0
3048 1MAGNESIUM ION
lig 60
MG
0
3049 1MAGNESIUM ION
lig 61
MG
0
3050 1MAGNESIUM ION
lig 62
MG
0
3051 1MAGNESIUM ION
lig 63
MG
0
3052 1MAGNESIUM ION
lig 64
MG
0
3053 1MAGNESIUM ION
lig 65
MG
0
3054 1MAGNESIUM ION
lig 66
MG
0
3055 1MAGNESIUM ION
lig 67
MG
0
3056 1MAGNESIUM ION
lig 68
MG
0
3057 1MAGNESIUM ION
lig 69
MG
0
3058 1MAGNESIUM ION
lig 70
MG
0
3059 1MAGNESIUM ION
lig 71
MG
0
3060 1MAGNESIUM ION
lig 72
MG
0
3061 1MAGNESIUM ION
lig 73
MG
0
3062 1MAGNESIUM ION
lig 74
MG
0
3063 1MAGNESIUM ION
lig 75
MG
0
3064 1MAGNESIUM ION
lig 76
MG
0
3065 1MAGNESIUM ION
lig 77
MG
0
3066 1MAGNESIUM ION
lig 78
MG
0
3067 1MAGNESIUM ION
lig 79
MG
0
3068 1MAGNESIUM ION
lig 80
MG
0
3069 1MAGNESIUM ION
lig 81
MG
0
3070 1MAGNESIUM ION
lig 82
MG
0
3071 1MAGNESIUM ION
lig 83
MG
0
3072 1MAGNESIUM ION
lig 84
MG
0
3073 1MAGNESIUM ION
lig 85
MG
0
3074 1MAGNESIUM ION
lig 86
MG
0
3075 1MAGNESIUM ION
lig 87
MG
0
3076 1MAGNESIUM ION
lig 88
MG
0
3077 1MAGNESIUM ION
lig 89
MG
0
3078 1MAGNESIUM ION
lig 90
MG
0
3079 1MAGNESIUM ION
lig 91
MG
0
3080 1MAGNESIUM ION
lig 92
MG
0
3081 1MAGNESIUM ION
lig 93
MG
0
3082 1MAGNESIUM ION
lig 94
MG
0
3083 1MAGNESIUM ION
lig 95
MG
0
3084 1MAGNESIUM ION
lig 96
MG
0
3085 1MAGNESIUM ION
lig 97
MG
0
3086 1MAGNESIUM ION
lig 98
MG
0
3087 1MAGNESIUM ION
lig 99
MG
0
3088 1MAGNESIUM ION
lig 100
MG
0
3089 1MAGNESIUM ION
lig 101
MG
0
3090 1MAGNESIUM ION
lig 102
MG
0
3091 1MAGNESIUM ION
lig 103
MG
0
3092 1MAGNESIUM ION
lig 104
MG
0
3093 1MAGNESIUM ION
lig 105
MG
0
3094 1MAGNESIUM ION
lig 106
MG
0
3095 1MAGNESIUM ION
lig 107
MG
0
3096 1MAGNESIUM ION
lig 108
MG
0
3097 1MAGNESIUM ION
lig 109
MG
0
3098 1MAGNESIUM ION
lig 110
MG
0
3099 1MAGNESIUM ION
lig 111
MG
0
3100 1MAGNESIUM ION
lig 112
MG
0
3101 1MAGNESIUM ION
lig 113
MG
0
3102 1MAGNESIUM ION
lig 114
MG
0
3103 1MAGNESIUM ION
lig 115
MG
0
3104 1MAGNESIUM ION
lig 116
MG
0
3105 1MAGNESIUM ION
lig 117
MG
0
3106 1MAGNESIUM ION
lig 118
MG
0
3107 1MAGNESIUM ION
lig 119
MG
0
3108 1MAGNESIUM ION
lig 120
MG
0
3109 1MAGNESIUM ION
lig 121
K
0
3110 1POTASSIUM ION
lig 122
K
0
3111 1POTASSIUM ION
lig 123
NA
0
3112 1SODIUM ION
lig 124
NA
0
3113 1SODIUM ION
lig 125
NA
0
3114 1SODIUM ION
lig 126
NA
0
3115 1SODIUM ION
lig 127
NA
0
3116 1SODIUM ION
lig 128
NA
0
3117 1SODIUM ION
lig 129
NA
0
3118 1SODIUM ION
lig 130
NA
0
3119 1SODIUM ION
lig 131
NA
0
3120 1SODIUM ION
lig 132
NA
0
3121 1SODIUM ION
lig 133
NA
0
3122 1SODIUM ION
lig 134
NA
0
3123 1SODIUM ION
lig 135
NA
0
3124 1SODIUM ION
lig 136
NA
0
3125 1SODIUM ION
lig 137
NA
0
3126 1SODIUM ION
lig 138
NA
0
3127 1SODIUM ION
lig 139
NA
0
3128 1SODIUM ION
lig 140
NA
0
3129 1SODIUM ION
lig 141
NA
0
3130 1SODIUM ION
lig 142
NA
0
3131 1SODIUM ION
lig 143
NA
0
3132 1SODIUM ION
lig 144
NA
0
3133 1SODIUM ION
lig 145
NA
0
3134 1SODIUM ION
lig 146
NA
0
3135 1SODIUM ION
lig 147
NA
0
3136 1SODIUM ION
lig 148
NA
0
3137 1SODIUM ION
lig 149
NA
0
3138 1SODIUM ION
lig 150
NA
0
3139 1SODIUM ION
lig 151
NA
0
3140 1SODIUM ION
lig 152
NA
0
3141 1SODIUM ION
lig 153
NA
0
3142 1SODIUM ION
lig 154
NA
0
3143 1SODIUM ION
lig 155
NA
0
3144 1SODIUM ION
lig 156
NA
0
3145 1SODIUM ION
lig 157
NA
0
3146 1SODIUM ION
lig 158
NA
0
3147 1SODIUM ION
lig 159
NA
0
3148 1SODIUM ION
lig 160
NA
0
3149 1SODIUM ION
lig 161
NA
0
3150 1SODIUM ION
lig 162
NA
0
3151 1SODIUM ION
lig 163
NA
0
3152 1SODIUM ION
lig 164
NA
0
3153 1SODIUM ION
lig 165
NA
0
3154 1SODIUM ION
lig 166
NA
0
3155 1SODIUM ION
lig 167
NA
0
3156 1SODIUM ION
lig 168
NA
0
3157 1SODIUM ION
lig 169
NA
0
3158 1SODIUM ION
lig 170
NA
0
3159 1SODIUM ION
lig 171
NA
0
3160 1SODIUM ION
lig 172
NA
0
3161 1SODIUM ION
lig 173
NA
0
3162 1SODIUM ION
lig 174
NA
0
3163 1SODIUM ION
lig 175
NA
0
3164 1SODIUM ION
lig 176
NA
0
3165 1SODIUM ION
lig 177
NA
0
3166 1SODIUM ION
lig 178
NA
0
3167 1SODIUM ION
lig 179
NA
0
3168 1SODIUM ION
lig 180
NA
0
3169 1SODIUM ION
lig 181
NA
0
3170 1SODIUM ION
lig 182
NA
0
3171 1SODIUM ION
lig 183
NA
0
3172 1SODIUM ION
lig 184
NA
0
3173 1SODIUM ION
lig 185
NA
0
3174 1SODIUM ION
lig 186
NA
0
3175 1SODIUM ION
lig 187
NA
0
3176 1SODIUM ION
lig 188
NA
0
3177 1SODIUM ION
lig 189
NA
0
3178 1SODIUM ION
lig 190
NA
0
3179 1SODIUM ION
lig 191
NA
0
3180 1SODIUM ION
lig 192
NA
0
3181 1SODIUM ION
lig 193
NA
0
3182 1SODIUM ION
lig 194
NA
0
3183 1SODIUM ION
lig 195
NA
0
3184 1SODIUM ION
lig 196
NA
0
3185 1SODIUM ION
lig 197
CL
0
3186 1CHLORIDE ION
lig 198
CL
0
3187 1CHLORIDE ION
lig 199
CL
0
3188 1CHLORIDE ION
lig 200
CL
0
3189 1CHLORIDE ION
lig 201
CL
0
3190 1CHLORIDE ION
lig 202
CL
0
3191 1CHLORIDE ION
lig 203
CL
0
3192 1CHLORIDE ION
lig 204
CL
0
3193 1CHLORIDE ION
lig 205
CL
0
3194 1CHLORIDE ION
lig 206
CL
0
3195 1CHLORIDE ION
lig 207
CD
1
101 1CADMIUM ION
lig 208
MG
3
101 1MAGNESIUM ION
lig 209
CD
3
102 1CADMIUM ION
lig 210
CL
3
103 1CHLORIDE ION
lig 211
MG
4
102 1MAGNESIUM ION
lig 212
MG
9
201 1MAGNESIUM ION
lig 213
NA
9
202 1SODIUM ION
lig 214
NA
9
203 1SODIUM ION
lig 215
MG
A
301 1MAGNESIUM ION
lig 216
NA
A
302 1SODIUM ION
lig 217
CL
A
303 1CHLORIDE ION
lig 218
MG
B
401 1MAGNESIUM ION
lig 219
CL
B
402 1CHLORIDE ION
lig 220
NA
C
301 1SODIUM ION
lig 221
NA
H
201 1SODIUM ION
lig 222
NA
J
201 1SODIUM ION
lig 223
CL
J
202 1CHLORIDE ION
lig 224
CL
J
203 1CHLORIDE ION
lig 225
CL
J
204 1CHLORIDE ION
lig 226
MG
K
201 1MAGNESIUM ION
lig 227
NA
L
201 1SODIUM ION
lig 228
CL
L
202 1CHLORIDE ION
lig 229
NA
M
201 1SODIUM ION
lig 230
CL
M
202 1CHLORIDE ION
lig 231
CL
N
201 1CHLORIDE ION
lig 232
CD
O
201 1CADMIUM ION
lig 233
CL
O
202 1CHLORIDE ION
lig 234
NA
Q
101 1SODIUM ION
lig 235
NA
R
201 1SODIUM ION
lig 236
NA
R
202 1SODIUM ION
lig 237
CL
R
203 1CHLORIDE ION
lig 238
NA
S
101 1SODIUM ION
lig 239
MG
T
201 1MAGNESIUM ION
lig 240
CD
U
8701 1CADMIUM ION
lig 241
MG
Y
301 1MAGNESIUM ION
lig 242
CL
Y
302 1CHLORIDE ION
lig 243
CD
Z
101 1CADMIUM ION