Analysis of Ligand-Protein Contacts in PDB entry:
3W87


Ligand-Protein Contacts (LPC) are derived with the LPC software (Sobolev V., Sorokine A., Prilusky J., Abola E.E. and Edelman M. (1999) Automated analysis of interatomic contacts in proteins. Bioinformatics, 15, 327-332).

There are 62 ligands in PDB entry 3W87. Click on ligand of interest for LPC analysis.


HET
ID
Chain
ID
Residue
N
Number
of atoms
Ligand name
lig 1
W87
A
401 29 DIOXO-1,2,3,6-TETRAHYDROPYRIMIDINE-4-CARB
lig 2
GOL
A
402 6GLYCEROL
lig 3
GOL
A
403 6GLYCEROL
lig 4
GOL
A
404 6GLYCEROL
lig 5
GOL
A
405 6GLYCEROL
lig 6
GOL
A
406 6GLYCEROL
lig 7
GOL
A
407 6GLYCEROL
lig 8
GOL
A
408 6GLYCEROL
lig 9
GOL
A
409 6GLYCEROL
lig 10
GOL
A
410 6GLYCEROL
lig 11
GOL
A
411 6GLYCEROL
lig 12
GOL
A
412 6GLYCEROL
lig 13
GOL
A
413 6GLYCEROL
lig 14
GOL
A
414 6GLYCEROL
lig 15
CAC
A
415 5CACODYLATE ION
lig 16
CAC
A
416 5CACODYLATE ION
lig 17
FMN
A
417 31FLAVIN MONONUCLEOTIDE
lig 18
EDO
A
418 41,2-ETHANEDIOL
lig 19
EDO
A
419 41,2-ETHANEDIOL
lig 20
EDO
A
420 41,2-ETHANEDIOL
lig 21
EDO
A
421 41,2-ETHANEDIOL
lig 22
EDO
A
422 41,2-ETHANEDIOL
lig 23
EDO
A
423 41,2-ETHANEDIOL
lig 24
EDO
A
424 41,2-ETHANEDIOL
lig 25
EDO
A
425 41,2-ETHANEDIOL
lig 26
EDO
A
426 41,2-ETHANEDIOL
lig 27
EDO
A
427 41,2-ETHANEDIOL
lig 28
EDO
A
428 41,2-ETHANEDIOL
lig 29
EDO
A
429 41,2-ETHANEDIOL
lig 30
EDO
A
430 41,2-ETHANEDIOL
lig 31
EDO
A
431 41,2-ETHANEDIOL
lig 32
PEG
A
432 7DI(HYDROXYETHYL)ETHER
lig 33
PEG
A
433 7DI(HYDROXYETHYL)ETHER
lig 34
NCO
A
434 7COBALT HEXAMMINE(III)
lig 35
NCO
A
435 7COBALT HEXAMMINE(III)
lig 36
W87
B
401 29 DIOXO-1,2,3,6-TETRAHYDROPYRIMIDINE-4-CARB
lig 37
GOL
B
402 6GLYCEROL
lig 38
GOL
B
403 6GLYCEROL
lig 39
GOL
B
404 6GLYCEROL
lig 40
GOL
B
405 6GLYCEROL
lig 41
GOL
B
406 6GLYCEROL
lig 42
GOL
B
407 6GLYCEROL
lig 43
GOL
B
408 6GLYCEROL
lig 44
GOL
B
409 6GLYCEROL
lig 45
GOL
B
410 6GLYCEROL
lig 46
GOL
B
411 6GLYCEROL
lig 47
GOL
B
412 6GLYCEROL
lig 48
GOL
B
413 6GLYCEROL
lig 49
CAC
B
414 5CACODYLATE ION
lig 50
CAC
B
415 5CACODYLATE ION
lig 51
FMN
B
416 31FLAVIN MONONUCLEOTIDE
lig 52
EDO
B
417 41,2-ETHANEDIOL
lig 53
EDO
B
418 41,2-ETHANEDIOL
lig 54
EDO
B
419 41,2-ETHANEDIOL
lig 55
EDO
B
420 41,2-ETHANEDIOL
lig 56
EDO
B
421 41,2-ETHANEDIOL
lig 57
EDO
B
422 41,2-ETHANEDIOL
lig 58
EDO
B
423 41,2-ETHANEDIOL
lig 59
EDO
B
424 41,2-ETHANEDIOL
lig 60
EDO
B
425 41,2-ETHANEDIOL
lig 61
EDO
B
426 41,2-ETHANEDIOL
lig 62
PEG
B
427 7DI(HYDROXYETHYL)ETHER