Analysis of Ligand-Protein Contacts in PDB entry:
3N25


Ligand-Protein Contacts (LPC) are derived with the LPC software (Sobolev V., Sorokine A., Prilusky J., Abola E.E. and Edelman M. (1999) Automated analysis of interatomic contacts in proteins. Bioinformatics, 15, 327-332).

There are 78 ligands in PDB entry 3N25. Click on ligand of interest for LPC analysis.


HET
ID
Chain
ID
Residue
N
Number
of atoms
Ligand name
lig 1
PRO
A
1200 8PROLINE
lig 2
MN
A
640 1MANGANESE (II) ION
lig 3
PYR
A
1000 6PYRUVIC ACID
lig 4
K
A
1100 1POTASSIUM ION
lig 5
NA
A
1300 1SODIUM ION
lig 6
NA
A
2100 1SODIUM ION
lig 7
GOL
A
6002 6GLYCEROL
lig 8
EDO
A
6043 41,2-ETHANEDIOL
lig 9
EDO
A
6050 41,2-ETHANEDIOL
lig 10
EDO
A
6051 41,2-ETHANEDIOL
lig 11
GOL
A
6201 6GLYCEROL
lig 12
GOL
A
6301 6GLYCEROL
lig 13
PRO
B
1600 8PROLINE
lig 14
MN
B
640 1MANGANESE (II) ION
lig 15
PYR
B
1500 6PYRUVIC ACID
lig 16
K
B
1700 1POTASSIUM ION
lig 17
NA
B
2000 1SODIUM ION
lig 18
GOL
B
6007 6GLYCEROL
lig 19
EDO
B
6013 41,2-ETHANEDIOL
lig 20
EDO
B
6048 41,2-ETHANEDIOL
lig 21
GOL
B
6202 6GLYCEROL
lig 22
GOL
B
6302 6GLYCEROL
lig 23
PRO
C
1600 8PROLINE
lig 24
MN
C
640 1MANGANESE (II) ION
lig 25
PYR
C
1500 6PYRUVIC ACID
lig 26
K
C
1700 1POTASSIUM ION
lig 27
NA
C
2000 1SODIUM ION
lig 28
EDO
C
6014 41,2-ETHANEDIOL
lig 29
GOL
C
6055 6GLYCEROL
lig 30
GOL
C
6303 6GLYCEROL
lig 31
PRO
D
1600 8PROLINE
lig 32
GOL
D
6056 6GLYCEROL
lig 33
MN
D
640 1MANGANESE (II) ION
lig 34
PYR
D
1500 6PYRUVIC ACID
lig 35
K
D
1700 1POTASSIUM ION
lig 36
NA
D
2000 1SODIUM ION
lig 37
NA
D
2100 1SODIUM ION
lig 38
EDO
D
6011 41,2-ETHANEDIOL
lig 39
EDO
D
6017 41,2-ETHANEDIOL
lig 40
EDO
D
6033 41,2-ETHANEDIOL
lig 41
GOL
D
6204 6GLYCEROL
lig 42
GOL
D
6304 6GLYCEROL
lig 43
PRO
E
1600 8PROLINE
lig 44
MN
E
640 1MANGANESE (II) ION
lig 45
PYR
E
1500 6PYRUVIC ACID
lig 46
K
E
1700 1POTASSIUM ION
lig 47
NA
E
2000 1SODIUM ION
lig 48
NA
E
2100 1SODIUM ION
lig 49
EDO
E
6015 41,2-ETHANEDIOL
lig 50
EDO
E
6039 41,2-ETHANEDIOL
lig 51
EDO
E
6046 41,2-ETHANEDIOL
lig 52
EDO
E
6049 41,2-ETHANEDIOL
lig 53
GOL
E
6205 6GLYCEROL
lig 54
GOL
E
6305 6GLYCEROL
lig 55
PRO
F
1600 8PROLINE
lig 56
MN
F
640 1MANGANESE (II) ION
lig 57
PYR
F
1500 6PYRUVIC ACID
lig 58
K
F
1700 1POTASSIUM ION
lig 59
NA
F
2000 1SODIUM ION
lig 60
GOL
F
6010 6GLYCEROL
lig 61
EDO
F
6012 41,2-ETHANEDIOL
lig 62
GOL
F
6206 6GLYCEROL
lig 63
GOL
F
6306 6GLYCEROL
lig 64
PRO
G
1600 8PROLINE
lig 65
MN
G
640 1MANGANESE (II) ION
lig 66
PYR
G
1500 6PYRUVIC ACID
lig 67
K
G
1700 1POTASSIUM ION
lig 68
NA
G
2000 1SODIUM ION
lig 69
GOL
G
6207 6GLYCEROL
lig 70
GOL
G
6307 6GLYCEROL
lig 71
PRO
H
1600 8PROLINE
lig 72
MN
H
640 1MANGANESE (II) ION
lig 73
PYR
H
1500 6PYRUVIC ACID
lig 74
K
H
1700 1POTASSIUM ION
lig 75
NA
H
2000 1SODIUM ION
lig 76
NA
H
2100 1SODIUM ION
lig 77
EDO
H
6037 41,2-ETHANEDIOL
lig 78
GOL
H
6308 6GLYCEROL