Analysis of Ligand-Protein Contacts in PDB entry:
8BDB

Ligand-Protein Contacts (LPC) are derived with the LPC software (Sobolev V., Sorokine A., Prilusky J., Abola E.E. and Edelman M. (1999) Automated analysis of interatomic contacts in proteins. Bioinformatics, 15, 327-332).

There are 201 ligands in PDB entry 8BDB. Click on ligand of interest for LPC analysis.

	HET ID	Chain ID	Residue N	Number of atoms	Ligand name
lig 1	HL2	A	174	9	(2S,3R)-2-AMINO-3-HYDROXY-4-METHYLPENTANOI
lig 2	KCX	A	205	12	LYSINE NZ-CARBOXYLIC ACID
lig 3	CCS	A	455	10	CARBOXYMETHYLATED CYSTEINE
lig 4	HL2	C	174	9	(2S,3R)-2-AMINO-3-HYDROXY-4-METHYLPENTANOI
lig 5	KCX	C	205	12	LYSINE NZ-CARBOXYLIC ACID
lig 6	CCS	C	455	10	CARBOXYMETHYLATED CYSTEINE
lig 7	HL2	E	174	9	(2S,3R)-2-AMINO-3-HYDROXY-4-METHYLPENTANOI
lig 8	KCX	E	205	12	LYSINE NZ-CARBOXYLIC ACID
lig 9	HL2	G	174	9	(2S,3R)-2-AMINO-3-HYDROXY-4-METHYLPENTANOI
lig 10	KCX	G	205	12	LYSINE NZ-CARBOXYLIC ACID
lig 11	CCS	G	455	10	CARBOXYMETHYLATED CYSTEINE
lig 12	HL2	I	174	9	(2S,3R)-2-AMINO-3-HYDROXY-4-METHYLPENTANOI
lig 13	KCX	I	205	12	LYSINE NZ-CARBOXYLIC ACID
lig 14	HL2	K	174	9	(2S,3R)-2-AMINO-3-HYDROXY-4-METHYLPENTANOI
lig 15	KCX	K	205	12	LYSINE NZ-CARBOXYLIC ACID
lig 16	CCS	K	455	10	CARBOXYMETHYLATED CYSTEINE
lig 17	HL2	M	174	9	(2S,3R)-2-AMINO-3-HYDROXY-4-METHYLPENTANOI
lig 18	KCX	M	205	12	LYSINE NZ-CARBOXYLIC ACID
lig 19	HL2	O	174	9	(2S,3R)-2-AMINO-3-HYDROXY-4-METHYLPENTANOI
lig 20	KCX	O	205	12	LYSINE NZ-CARBOXYLIC ACID
lig 21	CCS	O	455	10	CARBOXYMETHYLATED CYSTEINE
lig 22	MG	A	501	1	MAGNESIUM ION
lig 23	CAP	A	502	21	2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE
lig 24	EDO	A	503	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 25	EDO	A	504	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 26	EDO	A	505	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 27	EDO	A	506	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 28	EDO	A	507	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 29	EDO	A	508	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 30	EDO	A	509	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 31	EDO	A	510	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 32	EDO	A	511	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 33	EDO	A	512	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 34	EDO	A	513	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 35	EDO	A	514	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 36	EDO	A	515	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 37	BCT	A	516	4	BICARBONATE ION
lig 38	BCT	A	517	4	BICARBONATE ION
lig 39	BCT	A	518	4	BICARBONATE ION
lig 40	BCT	A	519	4	BICARBONATE ION
lig 41	EDO	B	201	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 42	EDO	B	202	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 43	EDO	B	203	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 44	EDO	B	204	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 45	EDO	B	205	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 46	EDO	B	206	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 47	BCT	B	207	4	BICARBONATE ION
lig 48	MG	C	501	1	MAGNESIUM ION
lig 49	CAP	C	502	21	2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE
lig 50	EDO	C	503	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 51	EDO	C	504	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 52	EDO	C	505	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 53	EDO	C	506	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 54	EDO	C	507	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 55	EDO	C	508	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 56	EDO	C	509	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 57	EDO	C	510	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 58	EDO	C	511	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 59	EDO	C	512	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 60	EDO	C	513	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 61	BCT	C	514	4	BICARBONATE ION
lig 62	BCT	C	515	4	BICARBONATE ION
lig 63	EDO	D	201	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 64	EDO	D	202	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 65	EDO	D	203	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 66	EDO	D	204	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 67	EDO	D	205	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 68	EDO	D	206	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 69	BCT	D	207	4	BICARBONATE ION
lig 70	MG	E	501	1	MAGNESIUM ION
lig 71	CAP	E	502	21	2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE
lig 72	EDO	E	503	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 73	EDO	E	504	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 74	EDO	E	505	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 75	EDO	E	506	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 76	EDO	E	507	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 77	EDO	E	508	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 78	EDO	E	509	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 79	EDO	E	510	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 80	EDO	E	511	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 81	EDO	E	512	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 82	BCT	E	513	4	BICARBONATE ION
lig 83	BCT	E	514	4	BICARBONATE ION
lig 84	BCT	E	515	4	BICARBONATE ION
lig 85	BCT	E	516	4	BICARBONATE ION
lig 86	EDO	F	201	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 87	EDO	F	202	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 88	EDO	F	203	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 89	EDO	F	204	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 90	EDO	F	205	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 91	MG	G	501	1	MAGNESIUM ION
lig 92	CAP	G	502	21	2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE
lig 93	EDO	G	503	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 94	EDO	G	504	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 95	EDO	G	505	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 96	EDO	G	506	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 97	EDO	G	507	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 98	EDO	G	508	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 99	EDO	G	509	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 100	EDO	G	510	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 101	EDO	G	511	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 102	EDO	G	512	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 103	EDO	G	513	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 104	BCT	G	514	4	BICARBONATE ION
lig 105	BCT	G	515	4	BICARBONATE ION
lig 106	BCT	G	516	4	BICARBONATE ION
lig 107	BCT	G	517	4	BICARBONATE ION
lig 108	BCT	G	518	4	BICARBONATE ION
lig 109	EDO	H	201	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 110	EDO	H	202	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 111	EDO	H	203	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 112	EDO	H	204	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 113	EDO	H	205	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 114	EDO	H	206	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 115	EDO	H	207	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 116	BCT	H	208	4	BICARBONATE ION
lig 117	MG	I	501	1	MAGNESIUM ION
lig 118	CAP	I	502	21	2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE
lig 119	EDO	I	503	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 120	EDO	I	504	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 121	EDO	I	505	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 122	EDO	I	506	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 123	EDO	I	507	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 124	EDO	I	508	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 125	EDO	I	509	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 126	EDO	I	510	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 127	EDO	I	511	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 128	EDO	I	512	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 129	EDO	I	513	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 130	BCT	I	514	4	BICARBONATE ION
lig 131	BCT	I	515	4	BICARBONATE ION
lig 132	BCT	I	516	4	BICARBONATE ION
lig 133	EDO	J	201	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 134	EDO	J	202	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 135	EDO	J	203	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 136	EDO	J	204	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 137	EDO	J	205	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 138	EDO	J	206	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 139	MG	K	501	1	MAGNESIUM ION
lig 140	CAP	K	502	21	2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE
lig 141	EDO	K	503	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 142	EDO	K	504	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 143	EDO	K	505	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 144	EDO	K	506	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 145	EDO	K	507	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 146	EDO	K	508	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 147	EDO	K	509	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 148	EDO	K	510	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 149	BCT	K	511	4	BICARBONATE ION
lig 150	BCT	K	512	4	BICARBONATE ION
lig 151	EDO	L	201	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 152	EDO	L	202	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 153	EDO	L	203	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 154	EDO	L	204	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 155	EDO	L	205	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 156	EDO	L	206	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 157	EDO	L	207	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 158	EDO	L	208	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 159	BCT	L	209	4	BICARBONATE ION
lig 160	MG	M	501	1	MAGNESIUM ION
lig 161	CAP	M	502	21	2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE
lig 162	EDO	M	503	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 163	EDO	M	504	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 164	EDO	M	505	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 165	EDO	M	506	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 166	EDO	M	507	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 167	EDO	M	508	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 168	EDO	M	509	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 169	BCT	M	510	4	BICARBONATE ION
lig 170	BCT	M	511	4	BICARBONATE ION
lig 171	BCT	M	512	4	BICARBONATE ION
lig 172	EDO	N	201	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 173	EDO	N	202	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 174	EDO	N	203	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 175	EDO	N	204	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 176	EDO	N	205	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 177	EDO	N	206	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 178	EDO	N	207	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 179	BCT	N	208	4	BICARBONATE ION
lig 180	MG	O	501	1	MAGNESIUM ION
lig 181	CAP	O	502	21	2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE
lig 182	EDO	O	503	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 183	EDO	O	504	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 184	EDO	O	505	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 185	EDO	O	506	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 186	EDO	O	507	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 187	EDO	O	508	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 188	EDO	O	509	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 189	EDO	O	510	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 190	EDO	O	511	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 191	BCT	O	512	4	BICARBONATE ION
lig 192	BCT	O	513	4	BICARBONATE ION
lig 193	BCT	O	514	4	BICARBONATE ION
lig 194	EDO	P	201	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 195	EDO	P	202	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 196	EDO	P	203	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 197	EDO	P	204	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 198	EDO	P	205	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 199	EDO	P	206	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 200	EDO	P	207	4	1,2-ETHANEDIOL
lig 201	EDO	P	208	4	1,2-ETHANEDIOL

Analysis of Ligand-Protein Contacts in PDB entry: 8BDB

Analysis of Ligand-Protein Contacts in PDB entry:
8BDB