3J5L | Ribosome Antibiotic | date | Oct 23, 2013 |
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title | Structure Of The E. Coli 50s Subunit With Ermbl Nascent Chai | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
authors | S.Arenz, H.Ramu, P.Gupta, O.Berninghausen, R.Beckmann, N.Vazquez- A.S.Mankin, D.N.Wilson | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compound | source | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L32 Chain |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L33 Chain: 1 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L34 Chain: 2 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L35 Chain: 3 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L36 Chain: 4 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 5'-R(Cp(Ma6))-3' Chain: 5 Engineered: Yes Other_details: 3'-End Of A-Site Trna |
Synthetic: Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Erythromycin Resistance Leader Peptide Chain: 6 Fragment: Nascent Chain Synonym: Ermbl |
Organism_scientific: Streptococcus Sanguinis Organism_taxid: 1305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 5'-R(Cpcpa)-3' Chain: 7 Engineered: Yes Other_details: 3'-End Of P-Site Trna |
Synthetic: Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 23s Ribsomal Rna Chain: A |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 5s Ribosomal Rna Chain: B |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L2 Chain: C |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L3 Chain: D |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L4 Chain: E |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L5 Chain: F |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L6 Chain: G |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L9 Chain: H Fragment: See Remark 999 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L11 Chain: I |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L13 Chain: J |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L14 Chain: K |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L15 Chain: L |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L16 Chain: M |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L17 Chain: N |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L18 Chain: O |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L19 Chain: P |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L20 Chain: Q |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L21 Chain: R |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L22 Chain: S |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L23 Chain: T |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L24 Chain: U |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L25 Chain: V |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L27 Chain: W |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L28 Chain: X |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L29 Chain: Y |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L30 Chain: Z |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 83333 Strain: K-12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
symmetry | Space Group: P 1 |
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crystal cell |
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method | Electron Microscopy | resolution | 6.60 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ligand | ERY, MA6, UNL | enzyme |
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Gene Ontology |
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Primary reference | Molecular basis for erythromycin-dependent ribosome stalling during translation of the ErmBL leader peptide., Arenz S, Ramu H, Gupta P, Berninghausen O, Beckmann R, Vazquez-Laslop N, Mankin AS, Wilson DN, Nat Commun. 2014 Mar 24;5:3501. doi: 10.1038/ncomms4501. PMID:24662426 |
Data retrieval |
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