5GAG | Ribosome | date | Nov 26, 2015 |
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title | Rnc In Complex With Srp-Sr In The Closed State | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
authors | A.Jomaa, D.Boehringer, M.Leibundgut, N.Ban | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compound | source | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Srp 4.5s Rna Chain: 1 Engineered: Yes |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Trna Ccaend Chain: 2 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 23s Rrna Chain: A |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 5s Rrna Chain: B |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L2 Chain: C Synonym: Ribosomal Protein Ul2 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L3 Chain: D Synonym: Ribosomal Protein Ul3 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L4 Chain: E Synonym: Ribosomal Protein Ul4 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L5 Chain: F Synonym: Ribosomal Protein Ul5 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L6 Chain: G Synonym: Ribosomal Protein Ul6 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L9 Chain: H Synonym: Ribosomal Protein Bl9 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L10 Chain: I Synonym: 50s Ribosomal Protein L8, Ribosomal Protein Ul10 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L11 Chain: J Synonym: Ribosomal Protein Ul11 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L13 Chain: K Synonym: Ribosomal Protein Ul13 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L14 Chain: L Synonym: Ribosomal Protein Ul14 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L15 Chain: M Synonym: Ribosomal Protein Ul15 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L16 Chain: N Synonym: Ribosomal Protein Ul16 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L17 Chain: O Synonym: Ribosomal Protein Ul17 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L18 Chain: P Synonym: Ribosomal Protein Ul18 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L19 Chain: Q Synonym: Ribosomal Protein Bl19 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L20 Chain: R Synonym: Ribosomal Protein Bl20 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L21 Chain: S Synonym: Ribosomal Protein Bl21 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L22 Chain: T Synonym: Ribosomal Protein Ul22 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L23 Chain: U |
Organism_scientific: Escherichia Coli (Strain K12) Organism_taxid: 83333 Strain: K12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L24 Chain: V Synonym: Ribosomal Protein Ul24 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L25 Chain: W Synonym: Ribosomal Protein Bl25 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L27 Chain: X Synonym: Ribosomal Protein Bl27 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L28 Chain: Y Synonym: Ribosomal Protein Bl28 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L29 Chain: Z Synonym: Ribosomal Protein Ul29 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L30 Chain: a Synonym: Ribosomal Protein Ul30 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L32 Chain: b Synonym: Ribosomal Protein Bl32 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L33 Chain: c Synonym: Ribosomal Protein Bl33 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L34 Chain: d Synonym: Ribosomal Protein Bl34 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L35 Chain: e Synonym: Ribosomal Protein A,Ribosomal Protein Bl35 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L36 Chain: f Synonym: Ribosomal Protein B,Ribosomal Protein Bl36 |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Signal Recognition Particle Protein Ffh Chain: I Engineered: Yes Other_details: Notes: Less Defined Regions Were Replac Unk Residues. Full Sequence Is Below: Mfdnltdrlsrtlrnisgrgrltednvkdtlrevrmalleadvalpvvrefinrvkeka Pgqefvkivrnelvaamgeenqtlnlaaqppavvlmaglqgagkttsvgklgkflrekh Vyrpaaikqletlaeqvgvdffpsdvgqkpvdivnaalkeaklkfydvllvdtagrlhv Vhasinpvetlfvvdamtgqdaantakafnealpltgvvltkvdgdarggaalsirhit Ektealepfhpdriasrilgmgdvlsliedieskvdraqaeklasklkkgdgfdlndfl Gmaslmgklpgmgqipdnvksqmddkvlvrmeaiinsmtmkerakpeiikgsrkrriaa Rllkqfddmqrmmkkmkkggmakmmrsmkgmmppgfpgr; |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 1a9l Ss Chain: k Engineered: Yes |
Organism_scientific: Escherichia Coli Organism_taxid: 562 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
symmetry | Space Group: P 1 |
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crystal cell |
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method | Electron Microscopy | resolution | 3.80 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ligand | MG, ZN | enzyme |
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Gene Ontology |
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Primary reference | Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon., Jomaa A, Boehringer D, Leibundgut M, Ban N, Nat Commun. 2016 Jan 25;7:10471. doi: 10.1038/ncomms10471. PMID:26804923 |
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