5IYC | Transcription, Transferase Dna | date | Mar 24, 2016 |
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title | Human Core-Pic In The Initial Transcribing State | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
authors | Y.He, C.Yan, J.Fang, C.Inouye, R.Tjian, I.Ivanov, E.Nogales | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compound | source | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb1 Chain: A Synonym: Rna Polymerase II Subunit B1, Dna-Directed Rna Pol Subunit A, Dna-Directed Rna Polymerase III Largest Subunit, Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb1; Ec: 2.7.7.6,2.7.7.48 |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb2 Chain: B Synonym: Dna-Directed Rna Polymerase II 140 Kda Polypeptide Directed Rna Polymerase II Subunit B, Rna Polymerase II Sub Rna Polymerase II Subunit B2; Ec: 2.7.7.6 |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb3 Chain: C Synonym: Rna Polymerase II Subunit B3, Dna-Directed Rna Pol 33 Kda Polypeptide, Rpb33, Dna-Directed Rna Polymerase II S Rpb31; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb4 Chain: D Synonym: Rna Polymerase II Subunit B4, Dna-Directed Rna Pol Subunit D, Rna Polymerase II 16 Kda Subunit, Rpb16; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb5 Chain: E Synonym: Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc1, Dna-Dir Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subunit Rpabc1, Polymerase II 23 Kda Polypeptide, Dna-Directed Rna Polymera Subunit E, Xap4; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb6 Chain: F Synonym: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subuni Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc2, Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit F, Dna-Directed Rna Polymerases I,And Kda Polypeptide, Rpabc14.4, Rpb14.4, Rpc15; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb7 Chain: G Synonym: Rna Polymerase II Subunit B7, Dna-Directed Rna Pol Subunit G, Rna Polymerase II 19 Kda Subunit, Rpb19; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb8 Chain: H Synonym: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subuni Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc3, Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit H, Dna-Directed Rna Polymerases I, II 17.1 Kda Polypeptide, Rpb17, Hrpb8; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb9 Chain: I Synonym: Rna Polymerase II Subunit B9, Dna-Directed Rna Pol Subunit I, Rna Polymerase II 14.5 Kda Subunit, Rpb14.5; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb10 Chain: J Synonym: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subuni Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc5, Dna-Directed Rna Polymerase III Subunit L, Rna Polymerase II 7.6 Kda Subunit |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb11-A Chain: K Synonym: Rpb11a, Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit J-1 Polymerase II 13.3 Kda Subunit; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb12 Chain: L Synonym: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subuni Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc4, Abc10-Alpha, Dna Rna Polymerase II Subunit K, Rna Polymerase II 7.0 Kda Subu Rpb7.0, Rpb10alpha; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Initiation Factor Iib Chain: M Synonym: General Transcription Factor Tfiib, S300-II Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Gtf2b, Tf2b, Tfiib Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Initiation Factor Iia Subunit 1 Chain: N Synonym: General Transcription Factor Iia Subunit 1, Tfiial Transcription Initiation Factor Tfiia 42 Kda Subunit, Tfiia Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Gtf2a1, Tf2a1 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Initiation Factor Iia Subunit 2 Chain: O Synonym: General Transcription Factor Iia Subunit 2, Tfiia Subunit, Tfiias, Transcription Initiation Factor Iia Gamma Tfiia-Gamma; Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Gtf2a2, Tf2a2 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Tata-Box-Binding Protein Chain: P Synonym: Tata Sequence-Binding Protein, Tata-Binding Factor Factor, Transcription Initiation Factor Tfiid Tbp Subunit; Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Tbp, Gtf2d1, Tf2d, Tfiid Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: General Transcription Factor Iie Subunit 1 Chain: Q Synonym: General Transcription Factor Iie 56 Kda Subunit, Transcription Initiation Factor Iie Subunit Alpha, Tfiie-Al Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Gtf2e1, Tf2e1 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Initiation Factor Iie Subunit Beta Chain: R Synonym: Tfiie-Beta, General Transcription Factor Iie Subun Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Gtf2e2, Tf2e2 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: General Transcription Factor Iif Subunit 1 Chain: S Synonym: General Transcription Factor Iif 74 Kda Subunit, Transcription Initiation Factor Iif Subunit Alpha, Tfiif-Al Transcription Initiation Factor Rap74; Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Gtf2f1, Rap74 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: General Transcription Factor Iif Subunit 2 Chain: T Synonym: Atp-Dependent Helicase Gtf2f2, General Transcripti Iif 30 Kda Subunit, Transcription Initiation Factor Iif Sub Tfiif-Beta, Transcription Initiation Factor Rap30; Ec: 3.6.4.12 Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Gtf2f2, Rap30 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Elongation Factor A Protein 1 Chain: U Synonym: Transcription Elongation Factor S-II Protein 1, Transcription Elongation Factor Tfiis.O; Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Tcea1, Gtf2s, Tfiis Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Scp-X Chain: X Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Scp-Y Chain: Y Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
symmetry | Space Group: P 1 |
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crystal cell |
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method | Electron Microscopy | resolution | 3.90 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ligand | MG, ZN | enzyme | Transferase E.C.2.7.7.6 BRENDA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology |
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Primary reference | Near-atomic resolution visualization of human transcription promoter opening., He Y, Yan C, Fang J, Inouye C, Tjian R, Ivanov I, Nogales E, Nature. 2016 May 11;533(7603):359-65. doi: 10.1038/nature17970. PMID:27193682 |
Data retrieval |
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