5OA1 | Transcription | date | Jun 20, 2017 |
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title | Rna Polymerase I Pre-Initiation Complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
authors | Y.Sadian, L.Tafur, J.Kosinski, A.J.Jakobi, C.W.Muller | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compound | source | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase I Subunit Rpa190 Chain: A Synonym: Dna-Directed Rna Polymerase I 190 Kda Polypeptide, Directed Rna Polymerase I Largest Subunit; Ec: 2.7.7.6 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase I Subunit Rpa135 Chain: B Synonym: Dna-Directed Rna Polymerase I 135 Kda Polypeptide, Directed Rna Polymerase I Polypeptide 2,Rna Polymerase I Su Ec: 2.7.7.6 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I And III Subunit Rp Chain: C Synonym: Rna Polymerases I And III Subunit Ac1,C37,Dna-Dire Polymerases I And III 40 Kda Polypeptide,C40; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase I Subunit Rpa14 Chain: D Synonym: A14,Dna-Directed Rna Polymerase I 14 Kda Polypepti |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subun Chain: E Synonym: Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc1,Abc27,Dn Rna Polymerases I,And III 27 Kda Polypeptide; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subun Chain: F Synonym: Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc2,Abc23,Dn Rna Polymerases I,And III 23 Kda Polypeptide; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase I Subunit Rpa43 Chain: G Synonym: A43,Dna-Directed Dna-Dependent Rna Polymerase 36 K Polypeptide; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subun Chain: H Synonym: Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc3,Abc14.4, Dna-Directed Rna Polymerases I,And III 14.5 Kda Polypeptide |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase I Subunit Rpa12 Chain: I Synonym: A12,A12.2,Dna-Directed Rna Polymerase I 13.7 Kda Polypeptide; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subun Chain: J Synonym: Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc5,Abc10-Be Dna-Directed Rna Polymerases I,And III 8.3 Kda Polypeptide; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I And III Subunit Rp Chain: K Synonym: Rna Polymerases I And III Subunit Ac2,Ac19,Dna-Dir Polymerases I And III 16 Kda Polypeptide,Rpa19; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subun Chain: L Synonym: Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc4,Abc10-Al |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase I Subunit Rpa49 Chain: M Synonym: A49,Dna-Directed Rna Polymerase I 49 Kda Polypepti |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase I Subunit Rpa34 Chain: N Synonym: A34,Dna-Directed Dna-Dependent Rna Polymerase 34.5 Polypeptide,A34.5; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase I-Specific Transcription Initiatio Rrn3; Chain: O |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna (49-Mer) Chain: S Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna (56-Mer) Chain: T Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase I-Specific Transcription Initiatio Rrn7; Chain: U Engineered: Yes |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Gene: Rrn7, Yjl025w, J1273 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase I-Specific Transcription Initiatio Rrn6; Chain: V Engineered: Yes |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Gene: Rrn6, Ybl014c, Ybl0311, Ybl0312 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase I-Specific Transcription Initiatio Rrn11; Chain: W Engineered: Yes |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Gene: Rrn11, Yml043c, Ym9827.09c Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-A Chain: 1 Engineered: Yes |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-A Ala-Ala-Ala-Ala-Ala; Chain: 2 Engineered: Yes |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala Chain: 3, 9 Engineered: Yes |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-A Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala; Chain: 4 Engineered: Yes |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-A Ala-Ala; Chain: 5, Q Engineered: Yes |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala Chain: 6, 8 Engineered: Yes |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-A Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala; Chain: 7 Engineered: Yes |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-A Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala; Chain: P Engineered: Yes |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-A Ala; Chain: Z Engineered: Yes |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala Chain: Y Engineered: Yes |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-A Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala-Ala; Chain: R Engineered: Yes |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
symmetry | Space Group: P 1 |
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crystal cell |
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method | Electron Microscopy | resolution | 4.40 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ligand | ZN | enzyme | Transferase E.C.2.7.7.6 BRENDA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology |
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Primary reference | Structural insights into transcription initiation by yeast RNA polymerase I., Sadian Y, Tafur L, Kosinski J, Jakobi AJ, Wetzel R, Buczak K, Hagen WJ, Beck M, Sachse C, Muller CW, EMBO J. 2017 Sep 15;36(18):2698-2709. doi: 10.15252/embj.201796958. Epub 2017 Jul, 24. PMID:28739580 |
Data retrieval |
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Structure-derived information |
- Domain d1i5oa1, region A:1-150 [Jmol] [rasmolscript] [script source] - Domain d1j5oa1, region A:430-558 [Jmol] [rasmolscript] [script source] - Domain d1r5oa1, region A:460-554 [Jmol] [rasmolscript] [script source] - Domain d1s5oa1, region A:9-385 [Jmol] [rasmolscript] [script source] |
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