5OIK | Transcription | date | Jul 18, 2017 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
title | Structure Of An Rna Polymerase II-Dsif Transcription Elongat Complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
authors | C.Bernecky, J.M.Plitzko, P.Cramer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compound | source | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb1 Chain: A Ec: 2.7.7.6 |
Organism_scientific: Bos Taurus Organism_taxid: 9913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase Subunit Beta Chain: B Ec: 2.7.7.6 |
Organism_scientific: Bos Taurus Organism_common: Bovine Organism_taxid: 9913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb3 Chain: C Synonym: Rna Polymerase II Subunit B3,Dna-Directed Rna Poly Subunit C; |
Organism_scientific: Bos Taurus Organism_common: Bovine Organism_taxid: 9913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Polymerase (Rna) II (Dna Directed) Polypeptide D Chain: D |
Organism_scientific: Bos Taurus Organism_common: Bovine Organism_taxid: 9913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subun Chain: E Synonym: Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc1,Dna-Dire Polymerase II Subunit E,Rpb5 Homolog; |
Organism_scientific: Bos Taurus Organism_common: Bovine Organism_taxid: 9913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subun Chain: F |
Organism_scientific: Bos Taurus Organism_common: Bovine Organism_taxid: 9913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb7 Chain: G Synonym: Rna Polymerase II Subunit B7,Dna-Directed Rna Poly Subunit G; |
Organism_scientific: Bos Taurus Organism_common: Bovine Organism_taxid: 9913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Uncharacterized Protein Chain: H |
Organism_scientific: Bos Taurus Organism_common: Bovine Organism_taxid: 9913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb9 Chain: I Synonym: Rna Polymerase II Subunit B9,Dna-Directed Rna Poly Subunit I; |
Organism_scientific: Bos Taurus Organism_common: Bovine Organism_taxid: 9913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subun Chain: J Synonym: Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc5,Dna-Dire Polymerase III Subunit L; |
Organism_scientific: Bos Taurus Organism_common: Bovine Organism_taxid: 9913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb11 Chain: K Synonym: Rna Polymerase II Subunit B11,Dna-Directed Rna Pol Subunit J; |
Organism_scientific: Bos Taurus Organism_common: Bovine Organism_taxid: 9913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subun Chain: L Synonym: Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc4,Dna-Dire Polymerase II Subunit K; |
Organism_scientific: Bos Taurus Organism_common: Bovine Organism_taxid: 9913 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna (43-Mer) Chain: N Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Synthetic Construct Organism_taxid: 32630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna (5'- R(Pupapupapupapcpapupapapapgpapcpcpapgpg Chain: P Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Synthetic Construct Organism_taxid: 32630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna (43-Mer) Chain: T Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Synthetic Construct Organism_taxid: 32630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Elongation Factor Spt4 Chain: Y Synonym: Hspt4,Drb Sensitivity-Inducing Factor 14 Kda Subun P14,Drb Sensitivity-Inducing Factor Small Subunit,Dsif Smal Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Supt4h1, Spt4h, Supt4h Expression_system: Escherichia Coli Bl21(De3) Expression_system_taxid: 469008 Expression_system_variant: Ril | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Elongation Factor Spt5 Chain: Z Synonym: Hspt5,Drb Sensitivity-Inducing Factor 160 Kda Subu P160,Drb Sensitivity-Inducing Factor Large Subunit,Dsif Lar Subunit,Tat-Cotransactivator 1 Protein,Tat-Ct1 Protein; Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Supt5h, Spt5, Spt5h Expression_system: Escherichia Coli Bl21(De3) Expression_system_taxid: 469008 Expression_system_variant: Ril | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
symmetry | Space Group: P 1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
crystal cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
method | Electron Microscopy | resolution | 3.70 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ligand | MG, ZN | enzyme | Transferase E.C.2.7.7.6 BRENDA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primary reference | Structure of a transcribing RNA polymerase II-DSIF complex reveals a multidentate DNA-RNA clamp., Bernecky C, Plitzko JM, Cramer P, Nat Struct Mol Biol. 2017 Sep 11. doi: 10.1038/nsmb.3465. PMID:28892040 |
Data retrieval |
View 5OIK in 3D |
Visual 3D analysis of 5OIK |
Structure-derived information |
Sequence-derived information |
Other resources with information on 5OIK |
OCA© by Jaime Prilusky, 1996-2014,2022 Bioinformatics Unit Weizmann Institute of Science |