6EM3 | Ribosome | date | Oct 01, 2017 |
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title | State A Architectural Model (Nsa1-Tap Flag-Ytm1) - Visualizi Assembly Pathway Of Nucleolar Pre-60s Ribosomes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
authors | L.Kater, J.Cheng, C.Barrio-Garcia, E.Hurt, R.Beckmann | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compound | source | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosome Production Factor 1 Chain: x Synonym: Ribosome Biogenesis Protein Rpf1 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L7-A Chain: F Synonym: L6,Large Ribosomal Subunit Protein Ul30-A,Rp11,Yl8 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Protein Mak16 Chain: 3 Synonym: Maintenance Of Killer Protein 16 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosomal Rna-Processing Protein 1 Chain: 4 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosome Biogenesis Protein Nsa1 Chain: 5 Synonym: Nop7-Associated Protein 1 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosome Biogenesis Protein Brx1 Chain: A Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rrna-Processing Protein Ebp2 Chain: J Synonym: Ebna1-Binding Protein Homolog Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Nucleolar Protein 16 Chain: v Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L4-A Chain: C Synonym: L2,Large Ribosomal Subunit Protein Ul4-A,Rp2,Yl2 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L32 Chain: e Synonym: Large Ribosomal Subunit Protein El32 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L6-A Chain: E Synonym: L17,Large Ribosomal Subunit Protein El6-A,Rp18,Yl1 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L33-A Chain: f Synonym: L37,Large Ribosomal Subunit Protein El33-A,Rp47,Yl Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L8-A Chain: G Synonym: L4,L4-2,L7a-1,Large Ribosomal Subunit Protein El8- Maintenance Of Killer Protein 7,Rp6,Yl5; Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L35-A Chain: h Synonym: Large Ribosomal Subunit Protein Ul29-A Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L36-B Chain: I Synonym: L39,Large Ribosomal Subunit Protein El36-B,Yl39 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L37-A Chain: j Synonym: L43,Large Ribosomal Subunit Protein El37-A,Yl35,Yp Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L13-A Chain: L Synonym: Large Ribosomal Subunit Protein El13-A Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L14-A Chain: M Synonym: Large Ribosomal Subunit Protein El14-A Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L15-A Chain: N Synonym: L13,Large Ribosomal Subunit Protein El15-A,Rp15r,Y Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L16-A Chain: O Synonym: L13a,L21,Large Ribosomal Subunit Protein Ul13-A,Rp Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L17-A Chain: P Synonym: L20a,Large Ribosomal Subunit Protein Ul22-A,Yl17 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L18-A Chain: Q Synonym: Large Ribosomal Subunit Protein El18-A,Rp28 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L20-A Chain: S Synonym: L18a,Large Ribosomal Subunit Protein El20-A Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L26-A Chain: Y Synonym: L33,Large Ribosomal Subunit Protein Ul24-A,Yl33 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 25s Ribosomal Rna Chain: 1 Other_details: Backbone Model |
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Molecule: 5.8s Ribosomal Rna Chain: 2 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Atp-Dependent Rna Helicase Has1 Chain: D Synonym: Helicase Associated With Set1 Protein 1 Ec: 3.6.4.13 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Proteasome-Interacting Protein Cic1 Chain: K Synonym: Core Interacting Component 1 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pescadillo Homolog Chain: n Synonym: Nucleolar Protein 7,Ribosomal Rna-Processing Prote Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosome Biogenesis Protein 15 Chain: o Synonym: Nucleolar Protein 15 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosome Biogenesis Protein Rlp7 Chain: t Synonym: Ribosomal Protein L7-Like Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 5.8s Ribosomal Rna Chain: 6 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosome Biogenesis Protein Erb1 Chain: B Synonym: Eukaryotic Ribosome Biogenesis Protein 1 Other_details: Backbone Model |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae (Strain Atcc S288c); Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 559292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
symmetry | Space Group: P 1 |
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crystal cell |
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method | Electron Microscopy | resolution | 3.20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ligand | enzyme | Hydrolase E.C.3.6.4.13 BRENDA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology |
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Primary reference | Visualizing the Assembly Pathway of Nucleolar Pre-60S Ribosomes., Kater L, Thoms M, Barrio-Garcia C, Cheng J, Ismail S, Ahmed YL, Bange G, Kressler D, Berninghausen O, Sinning I, Hurt E, Beckmann R, Cell. 2017 Dec 14;171(7):1599-1610.e14. doi: 10.1016/j.cell.2017.11.039. PMID:29245012 |
Data retrieval |
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