6GMH | Transcription | date | May 26, 2018 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
title | Structure Of Activated Transcription Complex Pol II-Dsif-Paf | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
authors | S.M.Vos, L.Farnung, M.Boehing, A.Linden, C.Wigge, H.Urlaub, P.Cram | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compound | source | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rpb1 Chain: A Ec: 2.7.7.6 |
Organism_scientific: Sus Scrofa Organism_common: Pig Organism_taxid: 9823 Organ: Thymus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase Subunit Beta Chain: B Ec: 2.7.7.6 |
Organism_scientific: Sus Scrofa Organism_common: Pig Organism_taxid: 9823 Organ: Thymus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase II Subunit C Chain: C |
Organism_scientific: Sus Scrofa Organism_common: Pig Organism_taxid: 9823 Organ: Thymus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase II Subunit D Chain: D |
Organism_scientific: Sus Scrofa Organism_common: Pig Organism_taxid: 9823 Organ: Thymus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase II Subunit E Chain: E |
Organism_scientific: Sus Scrofa Organism_common: Pig Organism_taxid: 9823 Organ: Thymus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase II Subunit F Chain: F |
Organism_scientific: Sus Scrofa Organism_common: Pig Organism_taxid: 9823 Organ: Thymus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase II Subunit G Chain: G |
Organism_scientific: Sus Scrofa Organism_common: Pig Organism_taxid: 9823 Organ: Thymus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subun Chain: H |
Organism_scientific: Sus Scrofa Organism_common: Pig Organism_taxid: 9823 Organ: Thymus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb9 Chain: I Synonym: Rna Polymerase II Subunit B9,Dna-Directed Rna Poly Subunit I,Rna Polymerase II 14.5 Kda Subunit,Rpb14.5; |
Organism_scientific: Sus Scrofa Organism_common: Pig Organism_taxid: 9823 Organ: Thymus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rpb10 Chain: J |
Organism_scientific: Sus Scrofa Organism_common: Pig Organism_taxid: 9823 Organ: Thymus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rpb11 Chain: K |
Organism_scientific: Sus Scrofa Organism_common: Pig Organism_taxid: 9823 Organ: Thymus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rpb12 Chain: L |
Organism_scientific: Sus Scrofa Organism_common: Pig Organism_taxid: 9823 Organ: Thymus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Elongation Factor Spt6,Transcriptio Elongation Factor Spt6,Transcription Elongation Factor Spt6 Chain: M Synonym: Hspt6,Histone Chaperone Suppressor Of Ty6,Tat- Cotransactivator 2 Protein,Tat-Ct2 Protein,Hspt6,Histone Ch Suppressor Of Ty6,Tat-Cotransactivator 2 Protein,Tat-Ct2 Pr Hspt6,Histone Chaperone Suppressor Of Ty6,Tat-Cotransactiva Protein,Tat-Ct2 Protein; Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Supt6h, Kiaa0162, Spt6h Expression_system: Trichoplusia Ni Expression_system_taxid: 7111 Expression_system_plasmid: 438c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Non-Template Dna Chain: N Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Synthetic Construct Organism_taxid: 32630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Chain: P Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Synthetic Construct Organism_taxid: 32630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ctr9,Rna Polymerase-Associated Protein Ctr9 Homol Polymerase-Associated Protein Ctr9 Homolog; Chain: Q Synonym: Sh2 Domain-Binding Protein 1,Sh2 Domain-Binding Pr Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Ctr9, Kiaa0155, Sh2bp1 Expression_system: Trichoplusia Ni Expression_system_taxid: 7111 Expression_system_vector_type: 438a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Template Dna Chain: T Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Synthetic Construct Organism_taxid: 32630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Leo1,Leo1,Rna Polymerase-Associated Protein Leo1 Chain: U Synonym: Replicative Senescence Down-Regulated Leo1-Like Pr Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Leo1, Rdl Expression_system: Trichoplusia Ni Expression_system_taxid: 7111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Paf1,Rna Polymerase II-Associated Factor 1 Homolo Polymerase II-Associated Factor 1 Homolog; Chain: V Synonym: Hpaf1,Pancreatic Differentiation Protein 2,Hpaf1,P Differentiation Protein 2; Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Paf1, Pd2 Expression_system: Trichoplusia Ni Expression_system_taxid: 7111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Wd Repeat-Containing Protein 61 Chain: W Synonym: Meiotic Recombination Rec14 Protein Homolog,Ski8 H Ski8; Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Wdr61 Expression_system: Trichoplusia Ni Expression_system_taxid: 7111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Cdc73 Chain: X Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_taxid: 9606 Expression_system: Trichoplusia Ni Expression_system_taxid: 7111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Elongation Factor Spt4 Chain: Y Synonym: Hspt4,Drb Sensitivity-Inducing Factor 14 Kda Subun P14,Drb Sensitivity-Inducing Factor Small Subunit,Dsif Smal Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Supt4h1, Spt4h, Supt4h Expression_system: Trichoplusia Ni Expression_system_taxid: 7111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Elongation Factor Spt5 Chain: Z Synonym: Hspt5,Drb Sensitivity-Inducing Factor 160 Kda Subu P160,Drb Sensitivity-Inducing Factor Large Subunit,Dsif Lar Subunit,Tat-Cotransactivator 1 Protein,Tat-Ct1 Protein; Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Supt5h, Spt5, Spt5h Expression_system: Trichoplusia Ni Expression_system_taxid: 7111 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
symmetry | Space Group: P 1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
crystal cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
method | Electron Microscopy | resolution | 3.10 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ligand | MG, SEP, TPO, ZN | enzyme | Transferase E.C.2.7.7.6 BRENDA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primary reference | Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6., Vos SM, Farnung L, Boehning M, Wigge C, Linden A, Urlaub H, Cramer P, Nature. 2018 Aug;560(7720):607-612. doi: 10.1038/s41586-018-0440-4. Epub 2018 Aug, 22. PMID:30135578 |
Data retrieval |
View 6GMH in 3D |
Visual 3D analysis of 6GMH |
Structure-derived information |
Sequence-derived information |
Other resources with information on 6GMH |
OCA© by Jaime Prilusky, 1996-2014,2022 Bioinformatics Unit Weizmann Institute of Science |