3JCM | Transcription | date | Dec 23, 2015 |
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title | Cryo-Em Structure Of The Spliceosomal U4u6.U5 Tri-Snrnp | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
authors | R.Wan, C.Yan, R.Bai, L.Wang, M.Huang, C.C.Wong, Y.Shi | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compound | source | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor 8 Chain: A |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: U4u6 Small Nuclear Ribonucleoprotein Prp4 Chain: B Synonym: Pre-Mrna-Processing Protein 4 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Processing Factor 31 Chain: I |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor 6 Chain: G |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: U4u6 Small Nuclear Ribonucleoprotein Prp3 Chain: K Synonym: Pre-Mrna-Splicing Factor 3 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Spliceosomal Protein Dib1 Chain: L |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 13 Kda Ribonucleoprotein-Associated Protein Chain: M Synonym: Small Nuclear Ribonucleoprotein-Associated Protein |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor Snu114 Chain: H Synonym: 114 Kda U5 Small Nuclear Ribonucleoprotein Compone Inhibitory Protein 10; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Helicase Brr2 Chain: N Synonym: Protein Snu246 Ec: 3.6.4.13 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Small Nuclear Ribonucleoprotein Sm D3 Chain: R, J Synonym: Sm-D3, Snrnp Core Protein D3 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Small Nuclear Ribonucleoprotein-Associated Protei Chain: S, O Synonym: Snrnp-B, Sm Protein B, Sm-B, Smb |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Small Nuclear Ribonucleoprotein Sm D1 Chain: T, P Synonym: Sm-D1, Snrnp Core Protein D1 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Small Nuclear Ribonucleoprotein Sm D2 Chain: U, Q Synonym: Sm-D2, Snrnp Core Protein D2 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Small Nuclear Ribonucleoprotein E Chain: V, Y Synonym: Snrnp-E, Sm Protein E, Sm-E, Sme |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Small Nuclear Ribonucleoprotein F Chain: W, Z Synonym: Snrnp-F, Sm Protein F, Sm-F, Smf |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Small Nuclear Ribonucleoprotein G Chain: X, a Synonym: Snrnp-G, Sm Protein G, Sm-G, Smg |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: U6 Snrna-Associated Sm-Like Protein Lsm8 Chain: b |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: U6 Snrna-Associated Sm-Like Protein Lsm2 Chain: c Synonym: Small Nuclear Ribonucleoprotein D Homolog Snp3 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: U6 Snrna-Associated Sm-Like Protein Lsm3 Chain: d Synonym: Smx4 Protein |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: U6 Snrna-Associated Sm-Like Protein Lsm6 Chain: e |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: U6 Snrna-Associated Sm-Like Protein Lsm5 Chain: f |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: U6 Snrna-Associated Sm-Like Protein Lsm7 Chain: g |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: U6 Snrna-Associated Sm-Like Protein Lsm4 Chain: h |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna Chain: C Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Synthetic Construct Organism_taxid: 32630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Snr6 Snrna Chain: D Synonym: U6 Snrna |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Snr14 Snrna Chain: E Synonym: U4 Snrna |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Snr7-L Snrna Chain: F Synonym: U5 Snrna |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae S288c Organism_taxid: 559292 Strain: S288c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
symmetry | Space Group: P 1 |
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crystal cell |
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method | Electron Microscopy | resolution | 3.80 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ligand | GTP, M7M | enzyme | Hydrolase E.C.3.6.4.13 BRENDA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology |
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Primary reference | The 3.8 A structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis., Wan R, Yan C, Bai R, Wang L, Huang M, Wong CC, Shi Y, Science. 2016 Jan 29;351(6272):466-75. doi: 10.1126/science.aad6466. Epub 2016, Jan 7. PMID:26743623 |
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