5DM7 | Ribosome | date | Sep 08, 2015 |
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title | Crystal Structure Of The 50s Ribosomal Subunit From Deinococ Radiodurans In Complex With Hygromycin A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
authors | T.Kaminishi, A.Schedlbauer, B.Ochoa-Lizarralde, S.R.Connell, P.F | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compound | source | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L1 Chain |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L2 Chain: A |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L3 Chain: B |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L4 Chain: C |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L5 Chain: D |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L6 Chain: E |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L11 Chain: F |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L13 Chain: G |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L14 Chain: H |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L15 Chain: I |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L16 Chain: J |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L17 Chain: K |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L18 Chain: L |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L19 Chain: M |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L20 Chain: N |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L21 Chain: O |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L22 Chain: P |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L23 Chain: Q |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L24 Chain: R |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L25 Chain: S Synonym: General Stress Protein Ctc |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L27 Chain: T |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L28 Chain: U |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L29 Chain: V |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L30 Chain: W |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L32 Chain: Z |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L33 Chain: 1 |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L34 Chain: 2 |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 50s Ribosomal Protein L35 Chain: 3 |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 23s Ribosomal Rna Chain: X |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 5s Ribosomal Rna Chain: Y |
Organism_scientific: Deinococcus Radiodurans Organism_taxid: 1299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
symmetry | Space Group: I 2 2 2 |
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crystal cell |
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method | X-Ray Diffraction | resolution | 3.00 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ligand | HGR, MG | enzyme |
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Gene Ontology |
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Primary reference | Crystallographic characterization of the ribosomal binding site and molecular mechanism of action of Hygromycin A., Kaminishi T, Schedlbauer A, Fabbretti A, Brandi L, Ochoa-Lizarralde B, He CG, Milon P, Connell SR, Gualerzi CO, Fucini P, Nucleic Acids Res. 2015 Nov 16;43(20):10015-25. doi: 10.1093/nar/gkv975. Epub, 2015 Oct 12. PMID:26464437 |
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