6C0F | Ribosome | date | Dec 29, 2017 |
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title | Yeast Nucleolar Pre-60s Ribosomal Subunit (State 2) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
authors | Z.A.Sanghai, L.Miller, J.Barandun, M.Hunziker, M.Chaker-Margot, S | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compound | source | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Saccharomyces Cerevisiae S288c 35s Pre-Ribosomal Miscrna; Chain: 1 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 5.8s Rrna Chain: 2 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Its2 Chain: 6 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosome Biogenesis Protein Nsa1 Chain: A Synonym: Nop7-Associated Protein 1 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L3 Chain: B Synonym: Large Ribosomal Subunit Protein Ul3,Maintenance Of Protein 8,Rp1,Trichodermin Resistance Protein,Yl1; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L4-A Chain: C Synonym: L2,Large Ribosomal Subunit Protein Ul4-A,Rp2,Yl2 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Protein Mak16 Chain: D Synonym: Maintenance Of Killer Protein 16 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L6-A Chain: E Synonym: L17,Large Ribosomal Subunit Protein El6-A,Rp18,Yl1 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L7-A Chain: F Synonym: L6,Large Ribosomal Subunit Protein Ul30-A,Rp11,Yl8 |
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Molecule: 60s Ribosomal Protein L8-A Chain: G Synonym: L4,L4-2,L7a-1,Large Ribosomal Subunit Protein El8- Maintenance Of Killer Protein 7,Rp6,Yl5; |
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Molecule: Ribosome Production Factor 1 Chain: I Synonym: Ribosome Biogenesis Protein Rpf1 |
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Molecule: Proteasome-Interacting Protein Cic1 Chain: K Synonym: Core Interacting Component 1 |
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Molecule: 60s Ribosomal Protein L13-A Chain: L Synonym: Large Ribosomal Subunit Protein El13-A |
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Molecule: 60s Ribosomal Protein L14-A Chain: M Synonym: Large Ribosomal Subunit Protein El14-A |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L15-A Chain: N Synonym: L13,Large Ribosomal Subunit Protein El15-A,Rp15r,Y |
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Molecule: 60s Ribosomal Protein L16-A Chain: O Synonym: L13a,L21,Large Ribosomal Subunit Protein Ul13-A,Rp |
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Molecule: 60s Ribosomal Protein L17-A Chain: P Synonym: L20a,Large Ribosomal Subunit Protein Ul22-A,Yl17 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L18-A Chain: Q Synonym: Large Ribosomal Subunit Protein El18-A,Rp28 |
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Molecule: 60s Ribosomal Protein L20-A Chain: S Synonym: L18a,Large Ribosomal Subunit Protein El20-A |
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Molecule: 60s Ribosomal Protein L23-A Chain: V Synonym: L17a,Large Ribosomal Subunit Protein Ul14-A,Yl32 |
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Molecule: Nucleolar Gtp-Binding Protein 1 Chain: W |
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Molecule: 60s Ribosomal Protein L26-A Chain: Y Synonym: L33,Large Ribosomal Subunit Protein Ul24-A,Yl33 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Nucleolar Protein 16 Chain: 7 |
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Molecule: Ribosomal Rna-Processing Protein 14 Chain: 8 Synonym: Ribosome Biogenesis Protein Rrp14 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosome Biogenesis Protein Brx1 Chain: b |
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Molecule: 60s Ribosomal Protein L32 Chain: e Synonym: Large Ribosomal Subunit Protein El32 |
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Molecule: 60s Ribosomal Protein L33-A Chain: f Synonym: L37,Large Ribosomal Subunit Protein El33-A,Rp47,Yl |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: 60s Ribosomal Protein L35-A Chain: h Synonym: Large Ribosomal Subunit Protein Ul29-A |
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Molecule: 60s Ribosomal Protein L36-A Chain: I Synonym: L39,Large Ribosomal Subunit Protein El36-A,Yl39 |
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Molecule: 60s Ribosomal Protein L37-A Chain: j Synonym: L43,Large Ribosomal Subunit Protein El37-A,Yl35,Yp |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Brx1-Associated Peptide Chain: x |
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Molecule: Rrna-Processing Protein Ebp2 Chain: m Synonym: Ebna1-Binding Protein Homolog |
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Molecule: Pescadillo Homolog Chain: n Synonym: Nucleolar Protein 7,Ribosomal Rna-Processing Prote |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosome Biogenesis Protein 15 Chain: o Synonym: Nucleolar Protein 15 |
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Molecule: Atp-Dependent Rna Helicase Has1 Chain: p Synonym: Helicase Associated With Set1 Protein 1 Ec: 3.6.4.13 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Protein Mak11 Chain: q Synonym: Maintenance Of Killer Protein 11 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosome Biogenesis Protein Erb1 Chain: s Synonym: Eukaryotic Ribosome Biogenesis Protein 1 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosome Biogenesis Protein Rlp7 Chain: t Synonym: Ribosomal Protein L7-Like |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosome Biogenesis Protein Rlp24 Chain: u Synonym: Ribosomal Protein L24-Like |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosome Biogenesis Protein Ssf1 Chain: v |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosomal Rna-Processing Protein 15 Chain: w |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Eukaryotic Translation Initiation Factor 6 Chain: y Synonym: Eif-6 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Ribosomal Rna-Processing Protein 1 Chain: z |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae By4741 Organism_taxid: 1247190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
symmetry | Space Group: P 1 |
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crystal cell |
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method | Electron Microscopy | resolution | 3.70 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ligand | ZN | enzyme | Hydrolase E.C.3.6.4.13 BRENDA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology |
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Primary reference | Modular assembly of the nucleolar pre-60S ribosomal subunit., Sanghai ZA, Miller L, Molloy KR, Barandun J, Hunziker M, Chaker-Margot M, Wang J, Chait BT, Klinge S, Nature. 2018 Mar 5. pii: nature26156. doi: 10.1038/nature26156. PMID:29512650 |
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