6J4X | Transcription Rna Dna | date | Jan 10, 2019 |
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title | Rna Polymerase II Elongation Complex Bound With Elf1 And Spt Stalled At Shl(-1) Of The Nucleosome (+1a) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
authors | H.Ehara, T.Kujirai, Y.Fujino, M.Shirouzu, H.Kurumizaka, S.Sekine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compound | source | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase Subunit Chain: A Ec: 2.7.7.6 |
Organism_scientific: Komagataella Phaffii (Strain Gs115 A 20864); Organism_common: Yeast Organism_taxid: 644223 Strain: Gs115 Atcc 20864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase Subunit Beta Chain: B Ec: 2.7.7.6 |
Organism_scientific: Komagataella Phaffii (Strain Gs115 A 20864); Organism_common: Yeast Organism_taxid: 644223 Strain: Gs115 Atcc 20864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase II Third Largest Subunit B44, Part Central Core; Chain: C |
Organism_scientific: Komagataella Phaffii (Strain Gs115 A 20864); Organism_common: Yeast Organism_taxid: 644223 Strain: Gs115 Atcc 20864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase II Subunit B32 Chain: D |
Organism_scientific: Komagataella Phaffii (Strain Gs115 A 20864); Organism_common: Yeast Organism_taxid: 644223 Strain: Gs115 Atcc 20864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase Subunit Abc27, Common To Rna Polym II, And III; Chain: E |
Organism_scientific: Komagataella Phaffii (Strain Gs115 A 20864); Organism_common: Yeast Organism_taxid: 644223 Strain: Gs115 Atcc 20864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase Subunit Abc23, Common To Rna Polym II, And III; Chain: F |
Organism_scientific: Komagataella Phaffii (Strain Gs115 A 20864); Organism_common: Yeast Organism_taxid: 644223 Strain: Gs115 Atcc 20864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase II Subunit Chain: G |
Organism_scientific: Komagataella Phaffii (Strain Gs115 A 20864); Organism_common: Yeast Organism_taxid: 644223 Strain: Gs115 Atcc 20864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subun Chain: H |
Organism_scientific: Komagataella Phaffii (Strain Gs115 A 20864); Organism_common: Yeast Organism_taxid: 644223 Strain: Gs115 Atcc 20864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase Subunit Chain: I |
Organism_scientific: Komagataella Phaffii (Strain Atcc 7627 7435 Cect 11047 Nrrl Y-11430 Wegner 21-1); Organism_common: Yeast Organism_taxid: 981350 Strain: Atcc 76273 Cbs 7435 Cect 11047 Nrrl Y-11430 21-1; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase Subunit Abc10-Beta, Common To Rna Polymerases I, II, And III; Chain: J |
Organism_scientific: Komagataella Phaffii (Strain Gs115 A 20864); Organism_common: Yeast Organism_taxid: 644223 Strain: Gs115 Atcc 20864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase II Subunit B12.5 Chain: K |
Organism_scientific: Komagataella Phaffii (Strain Gs115 A 20864); Organism_common: Yeast Organism_taxid: 644223 Strain: Gs115 Atcc 20864 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna Polymerase Subunit Abc10-Alpha Chain: L |
Organism_scientific: Komagataella Phaffii (Strain Atcc 7627 7435 Cect 11047 Nrrl Y-11430 Wegner 21-1); Organism_common: Yeast Organism_taxid: 981350 Strain: Atcc 76273 Cbs 7435 Cect 11047 Nrrl Y-11430 21-1; | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rna (5'- R(Pcpcpupgpgpupgpupcpupupgpgpgpupg)-3'); Chain: P Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Synthetic Construct Organism_taxid: 32630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna (198-Mer) Chain: T Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Synthetic Construct Organism_taxid: 32630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna (198-Mer) Chain: N Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Synthetic Construct Organism_taxid: 32630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Elongation Factor 1 Homolog Chain: M Engineered: Yes |
Organism_scientific: Komagataella Phaffii (Strain Gs115 A 20864); Organism_common: Yeast Organism_taxid: 644223 Strain: Gs115 Atcc 20864 Gene: Pas_c121_0006 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Elongation Factor Spt4 Chain: V Engineered: Yes |
Organism_scientific: Komagataella Phaffii (Strain Gs115 A 20864); Organism_common: Yeast Organism_taxid: 644223 Strain: Gs115 Atcc 20864 Gene: Pas_chr2-1_0350 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Protein That Forms A Complex With Spt4p Chain: W Engineered: Yes |
Organism_scientific: Komagataella Phaffii (Strain Gs115 A 20864); Organism_common: Yeast Organism_taxid: 644223 Strain: Gs115 Atcc 20864 Gene: Pas_chr3_1136 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Histone H3.3 Chain: a, e Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: H3f3a, H3.3a, H3f3, Pp781, H3f3b, H3.3b Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Histone H4 Chain: b, f Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Hist1h4a, H4a, H4fa, Hist1h4b, H4i, H4fi, Hist1h4c, H4fg, Hist1h4d, H4b, H4fb, Hist1h4e, H4j, H4fj, Hist1h4f, H4fc, Hist1h4h, H4h, H4fh, Hist1h4i, H4m, H4fm, Hist1h4j, H4fe, Hist1h4k, H4d, H4fd, Hist1h4l, H4k, H4fk, Hist2h4a, H4f2, H4fn, Hist2h4, Hist2h4b, H4o, H4fo, Hist4h4; Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Histone H2a Type 1-Be Chain: c, g Synonym: Histone H2a.2,Histone H2aa,Histone H2am Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Hist1h2ab, H2afm, Hist1h2ae, H2afa Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Histone H2b Type 1-J Chain: d, h Synonym: Histone H2b.1,Histone H2b.R,H2br Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Hist1h2bj, H2bfr Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
symmetry | Space Group: P 1 |
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crystal cell |
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method | Electron Microscopy | resolution | 4.30 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ligand | MG, ZN | enzyme | Transferase E.C.2.7.7.6 BRENDA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology |
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Primary reference | Structural insight into nucleosome transcription by RNA polymerase II with elongation factors., Ehara H, Kujirai T, Fujino Y, Shirouzu M, Kurumizaka H, Sekine SI, Science. 2019 Feb 15;363(6428):744-747. doi: 10.1126/science.aav8912. Epub 2019, Feb 7. PMID:30733384 |
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