6O9L | Transcription Dna | date | Mar 14, 2019 |
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title | Human Holo-Pic In The Closed State | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
authors | C.L.Yan, T.Dodd, Y.He, J.A.Tainer, S.E.Tsutakawa, I.Ivanov | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compound | source | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb1 Chain: A Synonym: Rna Polymerase II Subunit B1,Dna-Directed Rna Poly Subunit A,Dna-Directed Rna Polymerase III Largest Subunit,R Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb1; Ec: 2.7.7.6,2.7.7.48 |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb2 Chain: B Synonym: Dna-Directed Rna Polymerase II 140 Kda Polypeptide Directed Rna Polymerase II Subunit B,Rna Polymerase II Subu Polymerase II Subunit B2; Ec: 2.7.7.6 |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb3 Chain: C Synonym: Rna Polymerase II Subunit B3,Dna-Directed Rna Poly 33 Kda Polypeptide,Rpb33,Dna-Directed Rna Polymerase II Sub Rpb31; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb4 Chain: D Synonym: Rna Polymerase II Subunit B4,Dna-Directed Rna Poly Subunit D,Rna Polymerase II 16 Kda Subunit,Rpb16; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb5 Chain: E Synonym: Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc1, Dna-Dir Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subunit Rpabc1, Polymerase II 23 Kda Polypeptide, Dna-Directed Rna Polymera Subunit E, Xap4; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subun Chain: F Synonym: Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc2,Dna-Dire Polymerase II Subunit F,Dna-Directed Rna Polymerases I,And Kda Polypeptide,Rpabc14.4,Rpb14.4,Rpb6 Homolog,Rpc15; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb7 Chain: G Synonym: Rna Polymerase II Subunit B7,Dna-Directed Rna Poly Subunit G,Rna Polymerase II 19 Kda Subunit,Rpb19; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subun Chain: H Synonym: Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc3,Dna-Dire Polymerase II Subunit H,Dna-Directed Rna Polymerases I,And Kda Polypeptide,Rpb17,Rpb8 Homolog,Hrpb8; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb9 Chain: I Synonym: Rna Polymerase II Subunit B9,Dna-Directed Rna Poly Subunit I,Rna Polymerase II 14.5 Kda Subunit,Rpb14.5; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subun Chain: J Synonym: Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc5,Dna-Dire Polymerase III Subunit L,Rna Polymerase II 7.6 Kda Subunit, Rpb10 Homolog; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit Rpb11-A Chain: K Synonym: Rpb11a,Dna-Directed Rna Polymerase II Subunit J-1, Polymerase II 13.3 Kda Subunit; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna-Directed Rna Polymerases I, II, And III Subun Chain: L Synonym: Rna Polymerases I,II,And III Subunit Abc4,Abc10-Al Directed Rna Polymerase II Subunit K,Rna Polymerase II 7.0 Subunit,Rpb7.0,Rpb10alpha; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Initiation Factor Iib Chain: M Synonym: General Transcription Factor Tfiib,S300-II Ec: 2.3.1.48 Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Gtf2b, Tf2b, Tfiib Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Initiation Factor Iia Subunit 1 Chain: N Synonym: General Transcription Factor Iia Subunit 1,Tfiial, Transcription Initiation Factor Tfiia 42 Kda Subunit,Tfiia- |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Initiation Factor Iia Subunit 2 Chain: O Synonym: General Transcription Factor Iia Subunit 2,Tfiia P Subunit,Tfiias,Transcription Initiation Factor Iia Gamma Ch Gamma; Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Gtf2a2, Tf2a2 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Tata-Box-Binding Protein Chain: P Synonym: Tata Sequence-Binding Protein,Tata-Binding Factor, Factor,Transcription Initiation Factor Tfiid Tbp Subunit; Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Tbp, Gtf2d1, Tf2d, Tfiid Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: General Transcription Factor Iie Subunit 1 Chain: Q Synonym: General Transcription Factor Iie 56 Kda Subunit, Transcription Initiation Factor Iie Subunit Alpha,Tfiie-Alp Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Gtf2e1, Tf2e1 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Initiation Factor Iie Subunit Beta Chain: R Synonym: Tfiie-Beta,General Transcription Factor Iie Subuni Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Gtf2e2, Tf2e2 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: General Transcription Factor Iif Subunit 1 Chain: S Synonym: General Transcription Factor Iif 74 Kda Subunit, Transcription Initiation Factor Iif Subunit Alpha,Tfiif-Alp Transcription Initiation Factor Rap74; Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Gtf2f1, Rap74 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: General Transcription Factor Iif Subunit 2 Chain: T Synonym: Atp-Dependent Helicase Gtf2f2,General Transcriptio Iif 30 Kda Subunit,Transcription Initiation Factor Iif Subu Tfiif-Beta,Transcription Initiation Factor Rap30; Ec: 3.6.4.12 Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Gtf2f2, Rap30 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Transcription Elongation Factor A Protein 1 Chain: U Synonym: Transcription Elongation Factor S-II Protein 1, Transcription Elongation Factor Tfiis.O; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Tfiih Basal Transcription Factor Complex Helicase Subunit; Chain Synonym: Basic Transcription Factor 2 80 Kda Subunit, Btf2 Dna Excision Repair Protein Ercc-2, Dna Repair Protein Comp Xp-D Cells, Tfiih Basal Transcription Factor Complex 80 Kda Tfiih P80, Xeroderma Pigmentosum Group D-Complementing Prot Ec: 3.6.4.12 Engineered: Yes |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 Gene: Ercc2, Xpd, Xpdc Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: General Transcription Factor Iih Subunit 1 Chain: 1 Synonym: Basic Transcription Factor 2 62 Kda Subunit,Btf2 P Transcription Factor Iih Polypeptide 1,Tfiih Basal Transcri Factor Complex P62 Subunit; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: General Transcription Factor Iih Subunit 4, P52 Chain: 2 Synonym: Basic Transcription Factor 2 52 Kda Subunit, Btf2 General Transcription Factor Iih Polypeptide 4, Tfiih Basal Transcription Factor Complex P52 Subunit; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Cdk-Activating Kinase Assembly Factor Mat1 Chain: 3 Synonym: Cdk7cyclin-H Assembly Factor,Cyclin-G1-Interactin Menage A Trois,Ring Finger Protein 66,Ring Finger Protein M P36; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: General Transcription Factor Iih Subunit 3 Chain: 4 Synonym: P34, Basic Transcription Factor 2 44 Kda Subunit, General Transcription Factor Iih Polypeptide 2, Tfiih Basal Transcription Factor Complex P44 Subunit; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: General Transcription Factor Iih Subunit 5 Chain: 5 Synonym: General Transcription Factor Iih Polypeptide 5, Tf Ortholog, Tfiih Basal Transcription Factor Complex Ttd-A Su |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: General Transcription Factor Iih Subunit 2 Chain: 6 Synonym: Basic Transcription Factor 2 44 Kda Subunit, Btf2 General Transcription Factor Iih Polypeptide 2, Tfiih Basal Transcription Factor Complex P44 Subunit; |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Tfiih Basal Transcription Factor Complex Helicase Subunit; Chain: 7 Synonym: Basic Transcription Factor 2 89 Kda Subunit, Btf2 Excision Repair Protein Ercc-3, Dna Repair Protein Compleme Cells, Tfiih Basal Transcription Factor Complex 89 Kda Subu P89, Xeroderma Pigmentosum Group B-Complementing Protein; Ec: 3.6.4.12 |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Cyclin-Dependent Kinase 7 Chain: 8 Synonym: 39 Kda Protein Kinase,P39 Mo15,Cdk-Activating Kina Division Protein Kinase 7,Serinethreonine-Protein Kinase 1 Basal Transcription Factor Complex Kinase Subunit; Ec: 2.7.11.22,2.7.11.23 |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Cyclin-H Chain: 9 Synonym: Mo15-Associated Protein,P34,P37 |
Organism_scientific: Homo Sapiens Organism_common: Human Organism_taxid: 9606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna (65-Mer) Chain: X Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Synthetic Construct Organism_taxid: 32630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Dna (65-Mer) Chain: Y Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Synthetic Construct Organism_taxid: 32630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
symmetry | Space Group: P 1 |
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crystal cell |
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method | Electron Microscopy | resolution | 7.20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ligand | MG, SF4, ZN | enzyme | Transferase E.C.2.7.7.6 BRENDA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology |
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Primary reference | Transcription preinitiation complex structure and dynamics provide insight into genetic diseases., Yan C, Dodd T, He Y, Tainer JA, Tsutakawa SE, Ivanov I, Nat Struct Mol Biol. 2019 May 20. pii: 10.1038/s41594-019-0220-3. doi:, 10.1038/s41594-019-0220-3. PMID:31110295 |
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