5LQW | Splicing | date | Aug 17, 2016 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
title | Yeast Activated Spliceosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
authors | R.Rauhut, R.Luehrmann | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
compound | source | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor 8 Chain: A |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor Snu114 Chain: B Synonym: 114 Kda U5 Small Nuclear Ribonucleoprotein Compone Inhibitory Protein 10; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Helicase Brr2 Chain: C Synonym: Protein Snu246 Ec: 3.6.4.13 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor Slt11 Chain: D Synonym: Extracellular Mutant Protein 2,Synthetic Lethality Protein 11; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor Bud31 Chain: E Synonym: Bud Site Selection Protein 31,Complexed With Cef1 14; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor Cwc2 Chain: F Synonym: Complexed With Cef1 Protein 2,Prp19-Associated Com Protein 40,Synthetic Lethal With Clf1 Protein 3; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor Cwc22 Chain: H Synonym: Complexed With Cef1 Protein 22 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: U2 Snrnp Component Ist3 Chain: J Synonym: Increased Sodium Tolerance Protein 3,U2 Snrnp Prot |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor Prp46 Chain: K Synonym: Complexed With Cef1 Protein 1,Prp Nineteen-Associa Complex Protein 50,Prp19-Associated Complex Protein 50,Pre- Processing Protein 46; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor Cwc26 Chain: L Synonym: Bud Site Selection Protein 13,Complexed With Cef1 26,Synthetic Lethal With Clf1 Protein 7; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Processing Protein 45 Chain: M |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna Leakage Protein 1 Chain: N |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor Atp-Dependent Rna Helica Protein Prp2; Chain: O Synonym: Pre-Mrna-Processing Protein 2 Ec: 3.6.4.13 Engineered: Yes Mutation: Yes |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 Gene: Prp2, Rna2, Ynr011c, N2048 Expression_system: Escherichia Coli Expression_system_taxid: 562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor Syf1 Chain: P Synonym: Prp19-Associated Complex Protein 90,Synthetic Leth Cdc40 Protein 1; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: U2 Snrnp Component Hsh155 Chain: Q |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor Clf1 Chain: R Synonym: Crooked Neck-Like Factor 1,Prp19-Associated Comple 77,Synthetic Lethal With Cdc40 Protein 3; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor Cef1 Chain: W Synonym: Prp Nineteen-Associated Complex Protein 85,Prp19-A Complex Protein 85; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor Rse1 Chain: X Synonym: Rna Splicing And Er To Golgi Transport Factor 1,Sp Associated Protein 130; |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Pre-Mrna-Splicing Factor Rds3 Chain: Y Synonym: Regulator Of Drug Sensitivity 3 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Rds3 Complex Subunit 10 Chain: Z Synonym: Splicing Factor 3b Subunit |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Small Nuclear Ribonucleoprotein-Associated Protei Chain: b Synonym: Snrnp-B,Sm Protein B,Smb |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Small Nuclear Ribonucleoprotein Sm D3 Chain: d Synonym: Sm-D3,Snrnp Core Protein D3 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Small Nuclear Ribonucleoprotein E Chain: e Synonym: Snrnp-E,Sm Protein E,Sme |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Small Nuclear Ribonucleoprotein F Chain: f Synonym: Snrnp-F,Sm Protein F,Smf |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Small Nuclear Ribonucleoprotein G Chain: g Synonym: Snrnp-G,Sm Protein G,Smg |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Small Nuclear Ribonucleoprotein Sm D1 Chain: h Synonym: Sm-D1,Snrnp Core Protein D1 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Small Nuclear Ribonucleoprotein Sm D2 Chain: j Synonym: Sm-D2,Snrnp Core Protein D2 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: U2 Snrna Chain: 2 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: U5 Snrna Chain: 5 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: U6 Snrna Chain: 6 |
Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecule: Actin Pre-Mrna Chain: 9 Engineered: Yes |
Synthetic: Yes Organism_scientific: Saccharomyces Cerevisiae Organism_common: Baker'S Yeast Organism_taxid: 4932 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
symmetry | Space Group: P 1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
crystal cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
method | Electron Microscopy | resolution | 5.80 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ligand | enzyme | Hydrolase E.C.3.6.4.13 BRENDA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Ontology |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primary reference | Molecular architecture of the Saccharomyces cerevisiae activated spliceosome., Rauhut R, Fabrizio P, Dybkov O, Hartmuth K, Pena V, Chari A, Kumar V, Lee CT, Urlaub H, Kastner B, Stark H, Luhrmann R, Science. 2016 Aug 25. pii: aag1906. PMID:27562955 |
Data retrieval |
View 5LQW in 3D |
Visual 3D analysis of 5LQW |
Structure-derived information |
Sequence-derived information |
Other resources with information on 5LQW |
OCA© by Jaime Prilusky, 1996-2014,2022 Bioinformatics Unit Weizmann Institute of Science |